HsA_CIRC_001653通过调节microRNA377介导的HOXC6轴参与胰腺导管腺癌的发生

本文选自Molecular Therapy: Nucleic Acids,https://doi.org/10.1016/j.omtn.2019.12.028,喜欢的朋友可以拿去。别废话,上图啊!

对不起,真没有流程图(没有图你也能发文章)。如果不介意,我可以手绘一个。

作者用的GEO数据挖掘,发现本文circRNA在胰腺癌高表达,然后,在 Circular RNA Interactome website https://circinteractome.nia.nih.gov/miRNA_Target_Sites/mirna_target_sites.html预测了结合的miRNA  miR-324-5p,miR-377, and miR-486-3p.然后又在StarBase预测了miR-377的靶点,又和GEO的三个数据集取了一个交集,发现了miRNA的两个靶点:CAMK2N1 and HOXC6,在PDAC中高表达。

接着作者又在组织中验证了一下circRNA表达情况,和数据库的一致,然后分析了和生存相关,以及细胞系表达情况(这不是套路吗)

然后作者又了功能验证,也就是活力,细胞周期,增殖之类的,然后敲减和过表达,体内实验验证促进肿瘤和抑制肿瘤生长的情况。

然后验证靶点,先FISH定位聚集在哪。一般聚集在细胞质,就在细胞质中发挥作用,聚集在核内那就厉害了。然后就要验证这个miR存在了,然后再找他们互补结合的部位,然后荧光素酶报告他们结合在一起,PULL down再拉下来。进一步验证了miRNA的靶点。

TCGA分析一波,发现miRNA低表达,然后就是一波对于miRNA的操作,和circRNA一样的。

最后就是那个蛋白了,验证一波,然后又是对蛋白的一波操作。

至此,本文结束了。还是属于一般的套路的文章,机制也不是特别深,对于他们这个分组我还是觉得挺有意思的。可能就是生信和机制相结合相互验证的文章,其实并没有特别的创新点。谢谢大家,欢迎批评、指正。

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