Ncbi-genome-download 下载蛋白质基因组

NCBI蛋白质基因组下载

genome搜索界面

直接搜索物种或者类群的genome，可进入如上页面。点击genome，进入下面页面。

可选中 Download，下载包含assembly-accessions的table。

打开linux终端，安装ncbi-genome-download，并且把assembly-accessions单独制成xxxxx.txt

ncbi-genome-download --formats protein-fasta --assembly-accessions xxxxx.txt plant --section genbank

##--formats protein-fasta 下载蛋白质基因组fasta文件
##--assembly-accessions xxxxx.txt 从txt中读取accessions 
##--section genbank 非ref序列需要加这个参数
## plant  指定类群，必需项

运行结果

使用以上方法下载均因为网络或者服务器原因告吹，采取第三种方法如下：

新的NABI genome beta界面

选择蛋白质序列下载

下载成功后，可能会遇到解压问题。最好下载两到三次，从中找一个比较好的文件。可以使用7-zip解压而非winrar。7-zip可以跳过解压问题继续解压。把解压好的文件重新压缩，上传到集群。