临床开展RNA-seq送测序前你应当考虑到几个因素

DNA层面的测序问题已经不能完全满足临床的需要，当下，美国一些医院在临床已经开展DNA测序+RNA测序联合分析，更好的为临床服务。

在临床病理方面，对于肉瘤的诊断，不是很明确的话，最好是送全基因组+RNAseq,不建议先就开一大堆免疫组化及分子，最后还是没有结果。

1、首先你应当知道，RNA-seq测序能做什么？

如下图所示，

可以了解到不同条件下的基因表达变化。比如说，老年人和小孩，不同时期的头发生长相关基因。

找出新的基因，在参考基因组上没有的，你发现了，将是一个很不错的选择。

找出基因突变和基因融合。这是一种逆向思维，我是这样理解的。可以说，可以完美匹配DNA层面的不足。

哪么，在送样本去测序公司的时候，你应当如何了解对方测序的，你至少要求是啥？

你要与测序公司，了解到是双端测序还是单端测序，成本是不一样，精度也不一样的。

测序的样本，可以到达多少READS,我们一般建议是25-60M，如果你只看外显子的话，30M是可以的，但是我想看非编码区域的问题，我一般要50M.

送样本去公司测序，我一般建议是自个做提取RNA,然后再送公司。因为RNA在新鲜冰冻样本，是很容易降解的，在临床开展的话，不及时处理会丢失很多信息。

RNA降解是严重影响测序质量，为了更好的建库，开展前RNA质控要求。至少>30%

样本的重复（replicates）的数目和类型

一向来说，建议组织横切， 取3份同一样本检测

避免混淆（confounding）应当不要搞错标本

处理批次效应（batch effects）：注意要同一时间，同一地点，组织处理。