NCBI线下blastn-short比对

• ncbi的BLAST比我想象中的要强大，用普通blastn貌似不能将basepire数小于50的序列比对到基因组。像我，想将一些15bp的序列比对到基因组上做统计。其实BLAST+中有一些针对小于30bp序列比对(blast-short)的设定参数。

选项	类型	默认值	功能
word_size	integer	7	Length of initial exact match.
gapopen	integer	5	Cost to open a gap.
gapextend	integer	2	Cost to extend a gap.
reward	integer	1	Reward for a nucleotide match.
penalty	integer	-3	Penalty for a nucleotide mismatch.

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• 参考文章
  BLAST+ features
  Options for the command-line applications. [C2]