Multiz 使用陷阱

REF: https://www.biochen.org/cn/blog/

  1. axtToMaf 处最终命名为
    maf/${TARGET_GENOME}.${QUERY_GENOME}.sing.maf
    Target 在前, query在后。必须有.sing.

2.同样axtToMaf处

-tPrefix=${TARGET_GENOME}. \
-qPrefix=${QUERY_GENOME}.

后面这个"."必须存在

  1. 最后TARGET.QUERY.maf,物种代号越简单越好,貌似有“.”不行。我用基因组ID(比如N143152.1)作为物种名尝试多次,不行。

4.tba跑了很多次都不行。roast能跑通。

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