动态交互！感兴趣的基因标记在 KEGG Pathway 通路图上

写在前面

近期辅助课题组成员做一些上游数据分析，于是跑了前面搭建的流程并准备了系列分析结果文件，大体如下：

在其中「差异表达分析」的文件夹中，有系列文件，包括 KEGG Pathway 通路图。

其中：

1. 000.TBtools.Gene2Path.summary.html 对应的是差异表达基因具体在哪些KEGG通路
2. 000.TBtools.Path2Gene.summary.html 对应的是具体通路上存在哪些差异表达基因
   打开文件，大体如下
   
   
   对应的 mapXXXXX，可以点击，点击进去即为一个可交互的网页版通路
   
   
   其中上调表达的是红色，下调表达的是绿色，黄色对应的是该组分（注意到KEGG的一个KO有时候对应的是一个复合物或者几个不同变体有不同功能；同时有上下调也常见）。
   讨论过半，提到一个需求，亦即在下游数据分析工程中，可能得到这样那样的基因列表，也会希望将其映射在通路图上，方便查看，比如交集的几百个基因，等等。
   事实上，很久以前，TBtools即支持自定义 R,G,B 颜色，完全可以满足这个需求。用户只需要准备好一个列表文件即可。尽管我在几年前（估计是16年）已经写过对应功能的使用，但为了跟上最新版本，还是再写一份教程。

KEGG Pathway Map Illustrate 界面简介

从其中可以看到，输入简单，具体输入文件

1. 通路数据库文件

这一文件，可直接下载已经准备好的文件。注意，只要运行一次就行，下次重启 TBtools 也不需要重新加载。

https://tbtools.cowtransfer.com/s/0634098bb24441

下载后，直接载入即可

2. 注释信息文件

此处建议提供该物种所有基因的 KEGG 注释信息文件，具体获取方法可以参考前述 eggNOGmapper 的教程，即《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM...》
随后输入即可

3. 基因差异表达倍数信息 或 着色信息

基于界面提示，可以有两种输入，其中最常用的即为上下调....，正值会着红色，负值会着绿色，如果混合，则着黄色

4. 设置输出文件夹

给一个合理的文件夹路径即可

点击后等待即可，一般需要一些时间，因为涉及到几乎所有KEGG通路的遍历和图像处理

5. 查看结果

整体上与推文一开始介绍的一样

6. 使用着色信息

对于一些基因集合，并无 log2FoldChange 值，我们可以自己指定 R,G,B

得到结果相似，只是按照用户给定的 R,G,B 代码着色

注意到，如果是多个基因对应到一个组分，那么会出现一个组分有对应数目等分的着色。

写在最后

Emmm，没想到教程一写又是一个小时。现在时间越来不够用，可能教程会越来越少。希望对大伙的生信下游数据分析，有点帮助吧。
这个功能，应该属于绝对的吃力不讨好功能，它本身最适合的是数据分析，而在最终结果呈现时，尤其是文稿发表上，几乎不可能被用上，换句话说，TBtools 也不会因此得到引用；同样也不可能对我个人来说有其他收益。
或许，这就是作者的青春吧。