学习：StatQuest-Chip-seq

什么是Chip-seq

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翻译下就是染色质免疫共沉淀技术,作用是研究体内蛋白质与DNA相互作用,找蛋白或者转录因子的结合

Chip-seq建库过程

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第一步就是要将蛋白和DNA用甲醛做交联,固定好它们

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然后将DNA打成300bp的小片段

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再来就是用抗体把这些蛋白拉下来

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做富集

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分离蛋白和片段,对片段测序

Chip-seq分析

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我们测的片段可能来自于不同的染色体,把它们mapping到参考基因组上,我们就会获得片段在基因组上的位置信息:

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然后你的reads堆积到一定程度(满足泊松分布)就会形成peaks:

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根据建库的原理,peaks即为蛋白或转录因子所结合部位