metawrap中进行分箱注释时出现如下错误，如何解决？please rename your contigs or use --centre xxx to generate clean contig

metawrap中进行分箱注释时出现如下错误，如何解决？ please rename your contigs or use --centre xxx to generate clean contig namies.

根据你提供的错误信息，“please rename your contigs or use --centre xxx to generate clean contig names.”，这个错误通常是由于 metawrap 在处理 contigs（连续基因组序列）时，发现了不合规范的 contig 名称导致的。

在 Metawrap 中，contig 名称必须是唯一的，不能包含空格或特殊字符，通常应该以字母或数字开头。如果 contig 名称不符合规范，可能会导致一些工具或流程出现问题。

解决这个问题的方法：

1. 重新命名 contigs：通过修改 contig 名称，确保它们符合规范。可以使用其他工具或脚本对 contigs 进行重命名，确保名称的唯一性和合规性。 

这个是prokka的提示，所以需要大家从新使用脚本重命名一下bin.0.fa等文件中的contig名称，注释完后需要contig丰度的时候再mapping回去就行了。

Contig ID must <= 20 chars long: gnl|ck1|PROKKA_contig000001

建议大家使用sed或者awk命令将其中的k141    length  cov等字符去掉，数字之间保持一个下划线间隔记住顺序就行，后面还可以改回去。

怎么批量修改看这里：

linux下基于指定目录及子目录下所有文件中指定字符串进行替换-CSDN博客

按照提示 在 prokka中使用 --centre先把序列重命名，其实效果是一样的。

一般这种情况很可能是自己生成的bin文件不是metawrap binning生成的，所以会出现contigs名称过长的问题，或者windows版本文件传到linux的时候字符没有按照二进制转换，建议传输数据的时候统一使用二进制的方式，这样一般不会出问题了。