contigs

基因组组装----SOAPdenovo2

(5)Reads组装成contigs/scaffolds。(6)组装结果评估。file2.reads质量控制(1)认识你的数据。

bcl_hx·2024-02-10 22:11

如何提取特定id的fasta序列

seqtksubseqall.contigs.faaim_hit_contig.txt>all_hit.contig.fa

田小田_8afd·2024-01-18 21:34

please rename your contigs or use --centre xxx to generate clean contig

metawrap中进行分箱注释时出现如下错误，如何解决？pleaserenameyourcontigsoruse--centrexxxtogeneratecleancontignamies.根据你提供的错误信息，“pleaserenameyourcontigsoruse--centrexxxtogeneratecleancontignames.”，这个错误通常是由于metawrap在处理conti

小果运维·2023-12-30 06:56

基于BWA，Bowtie2，samtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度，多种计算方式和脚本对比

计算contigs和genes相对丰度可以提供有关微生物群落结构和功能的信息。

小果运维·2023-12-16 18:28

MetaGeneMark使用报错：GeneMark.hmm 400-day license.

license_download.cgi运行脚本gmhmmp-a-d-fG-m/data/zuoxb-3/software/MetaGeneMark_linux_64/mgm/MetaGeneMark_v1.modfinal.contigs.fa-ADM_N1

轻枫柳曳1208·2023-09-22 22:16

基于参考基因组的基因组组装和注释

独立组装中的contigs或scaffolds一般用遗传图谱、BioNano光学图谱或HiC技术进行染色体水平的挂，现在比较常用是HiC技术。

Boer223·2023-09-18 11:50

处理contig合并后有序列名相同的问题

做binning的时候遇到这个问题：Exceptionoccuredwhenparsingfiletemp/contig/all_contigs.faTraceback(mostrecentcalllast

江有枫xx·2023-08-25 07:27

宏基因组分析笔记之binning

454paired-end库或illuminameta-paired库，组装）→scaffold→（binning）→chromosome基因组草图ContigN50：Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs

小王的学习杂记·2023-08-07 06:21

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_05 第五章从头基因组组装与注释

是测序错误导致的杂合导致的峰重复序列在纯和峰值的右边（整数倍的地方出现）整理以上信息可以使用的软件第二节从头基因组组装从头组装VS比较组装从头组装就像自己拼图没有参考打断得到reads通过测序reads得到contigs

rookie_coder_996·2023-07-25 22:20

20230417 -- 处理多个VHH sanger测序序列

#20230417#序列来源生工测序：sanger序列#目的：整理成fasta，并且将上下游序列拼接组成contigs，然后igblast#有些.seq文件没有配对文件，有些.seq文件是多行输出结果，

All_Will_Be_Fine噻·2023-04-18 13:26

shell-for循环处理宏基因组数据 - 2021-12-27

k-list21,29,39,59,79,99,119,141--min-contig-len1000-t12-o$basedoneProdigal-预测ORFsforiinprodigal/XH*.contigs.f

子春零六·2021-12-27 16:23

宏基因组功能注释（以COG为例）

Contigs/Scaffolds序列经基因预测、ORF开放阅读框识别（OpenReadingframe）和蛋白翻译之后，就可以进行功能注释分析了。

周运来就是我·2021-05-07 06:43

circos 学习手册（六）

ideogram（一）介绍在生物学应用背景下，circos图通常对应于染色体，组装的contigs或者克隆clones等我们默认将ideogram认为是染色体染色体与ideogram理解染色体与ideogram

名本无名·2021-04-19 04:28

2021-03-21佛手瓜2

1)内容区（讲的啥）：1、基因测序、组装和评价得到的608.17Mb的基因组序列，有356个contigs，GC含量是38.71%。

八段锦1134·2021-03-22 11:48

德布鲁因图和OLC组装基因组

read，连du续切割，挨个碱基划动得到zhi的一序dao列长度为K的核苷酸序列contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列来确定一些Contig之间的顺序关系,这些先后顺序已知的Contigs

小潤澤·2020-12-18 19:04

Meta组装小课题2:GapCloser

组装技术限制产生gap：如，将测序得到的reads比对回得到的contigs，利用reads之间的连接关系和插入片段大

周运来就是我·2020-10-09 23:37

Contig N50和Scaffold N50

ContigN50：Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs.将所有的Contig长度相加,能获得一个Contig总长度.然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序,如获得Contig1,

tianzhanlan·2020-04-03 11:42

宏基因组要不要混着拼呀？

分箱的基础知识分箱的定义分箱（binning）指从微生物群体序列中将不同个体的序列(reads或contigs等)分离开来的过程。其扩展定义为，从群体序列中重新构建群体成员个体基因组的过程。

沈梦圆1993·2020-03-22 09:42

高通量测序中，read、contig和Scaffold分别是什么

基因组denovo测序，通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454Paired-end库或IlluminaMate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、2

白羊铁蛋·2020-03-15 04:04

从CONCOCT入手理解宏基因组binning

1.宏基因组binning简介Metagenome组装完成后，我们得到的是成千上万的contigs，我们需要知道哪些contigs来自哪一个基因组，或者都有哪些微生物的基因组。

宇宙实验媛·2020-02-23 20:17

2019-12-19 学习记录1

timebowtie2-build-ffinal.contigs.fa${in

o迷幻天使o·2020-02-10 09:01

分析记录|三代细菌基因组理论相关

Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs.将所有的Contig长度相加,能获得一个Contig总长度.然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序,如获得Contig1

琼脂糖·2020-02-05 00:38

基因组De novo组装和 ALLPATHS-LG使用

由于仪器测序读长的限制等，在建库时会将DNA随机打断为小片段的序列，因此，基因组组装就是将小片段的序列连接起来，但是序列之间的联系十分复杂，常用构建Graph来进行表示，然后在对Graph进行简化、拼接，即reads→contigs

生信要进步·2020-02-02 16:48

2019-02-13 细菌基因组组装短片段过滤

细菌基因组草图组装完成后，需要过滤长度较短的contigs，脚本如下：filter.py#!

YP_chen·2019-12-17 12:43

FinisherSC升级基因组—你还在用MUMmer3?

其是一个Python写的软件，能够并行化调用MUMmer软件进行序列比对，若2条Contigs序列末端有且仅有一个连接对象，则整合两条contigs；此外，软件还可以使用Stringgraphs方法利用属于

IMC小达人·2019-11-01 10:54

无参转录组分析（Trinity）

长度的短片段)-利用Overlap关系对k-mers进行延伸(贪婪算法)-输出所有的序列(configs)1.2构建deBruijngraph(chrysalls)--蛹-聚类所有相似区域大于k-1bp的contigs

nnlrl·2019-07-17 09:18

02-Hi-C辅助基因组安装

基因组组装的过程是将DNA小片段（reads）拼接成小重叠群（contigs），再将contigs组装成长的scaffolds,最后将s

六六_ryx·2018-10-27 10:46

知道高通量测序也应该知道这些

3.什么是scaffold基因denovo测序，通过reads拼接获得contigs后，通常还要构建454paired-end库或者IlluminaMate-pair库，以获得一定大小片段（如3kb，6kb

Ternq8·2018-06-26 22:26

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