共线性分析collinearity没有结果

使用TBtools做物种间共线性分析的时候，使用A物种基因和拟南芥的基因做共线性分析，得到的collinearity文件只有开头注释内容没有结果。

collinearity文件展示的就是共线性关系，这个就等于没有结果，这是不可能的。首先肯定不是软件问题，TBtools经得起检验。只有在分析的某个环节出了问题。A物种基因和水稻的共线性关系可以做出来，但是和拟南芥的做不出来，推测是拟南芥基因组有问题。开始做的时候为了保证一致性，拟南芥基因组序列和基因组GFF文件都是从TAIR数据库下载，版本都是一致的。可能是因为在分析的时候程序无法从拟南芥GFF3文件中提取出拟南芥的基因ID。仔细查看拟南芥基因组GFF3文件发现注释太多，比如Parent=transcript:AT1G01010.1，如果是Parent= AT1G01010.1程序就能识别。

使用下面gffread工具将GFF3转换成简便的gtf文件，也可以手动Ctrl＋F替换修改。

$ gffread Arabidopsis_thaliana.TAIR10.51.gff3 -T -o At.gtf

转化后的gtf格式如下：

使用这个格式的拟南芥基因注释文件就没有问题了，后续共线性分析的结果就出来。