R语言【CoordinateCleaner】——cc_cap(): 删除或标记国家/地区首都周围特定半径范围内的记录。生物数据库中地理参考性差的发生记录经常被错误地地理参考为首都。

Package CoordinateCleaner version 2.0-20

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Parameters

cc_cap(
  x,
  lon = "decimallongitude",
  lat = "decimallatitude",
  species = "species",
  buffer = 10000,
  geod = TRUE,
  ref = NULL,
  verify = FALSE,
  value = "clean",
  verbose = TRUE
)

参数【x】：data.frame。包含地理坐标和物种名称。

参数【lon】：字符串。具有经度坐标的列。默认值 = “decimallongitude”。

参数【lat】：字符串。包含纬度坐标的列。默认值 = “decimallatitude”。

参数【species】：字符串。具有物种标识的列。仅当 参数【verify】 = TRUE 时才需要。

参数【buffer】：每个首都坐标（城市中心）周围的缓冲区，其中的记录应标记为有问题。单位取决于参数【geod】。默认值 = 10 公里。

参数【geod】：逻辑值。如果为 TRUE，则每个首都周围的半径是根据球体计算的，缓冲区以米为单位，与纬度无关。如果为 FALSE，则半径的计算假定为平面坐标，并且随纬度略有变化，在本例中，缓冲区以度为单位。默认值 = TRUE。

参数【ref】：SpatialPointsDataFrame。提供地理地名录。可以是任何 SpatialPointsDataFrame，但结构必须与 countryref 相同。默认值 = countryref。

参数【verify】：逻辑值。如果 TRUE 记录是给定物种中唯一标记在给定参考附近标记的记录，则仅标记这些记录。如果为 FALSE，则距离是唯一的标准

参数【value】：字符串。定义输出值。

参数【verbose】：逻辑值。如果为 TRUE，则报告测试的名称和标记的记录数。详见 Value。

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Value

根据 参数【value】，包含测试认为正确的记录的 data.frame （“clean”） 或逻辑向量 （“flagged”），其中 TRUE = 测试通过，FALSE = 测试失败/可能有问题。默认值 = “clean”。

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Example

library(CoordinateCleaner)

x <- data.frame(species = letters[1:10], 
                decimallongitude = runif(100, -180, 180), 
                decimallatitude = runif(100, -90,90))

cc_cap(x)
cc_cap(x, value = "flagged")