Python：合并文件

当前目录下的txt文件只有两列，第一列为高通量测序产生的reads过滤后的长度，第二列为频数，Tab键分隔，如下图，想将多个这样的文件合并为一个文件，并增加含有样本名称（文件名）信息的一列。

Fig1.PNG

代码如下：

#!/usr/bin/env python
import time
start = time.time()
import glob
fp_out=open("count_matrix.csv", 'w')
fp_out.write("Sample"+","+"Length"+","+"Count")
for filename in glob.glob('*.txt'):
    with open(filename, 'r') as fp:
        for line in fp:
            length = line.rstrip().split("\t")[0]
            count = line.rstrip().split("\t")[1]
            fp_out.write("\n"+filename[:-4]+","+length+","+count)
fp_out.close()
end = time.time()
print("used %s s" % str(end - start))

结果展示：

Fig2.PNG