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Linux系统的app store：conda
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生信常用：miniconda
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入门操作：
1.下载miniconda ：
(1)通过Mac terminal 进入linux服务器输入 uname -a 查看服务器的版本，然后再在 清华的conda镜像网站 查看此镜像能安装到linux的版本 （有32位和64位）
(2)复制此镜像链接(Windows：选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴；Mac：直接cmd + c 复制，cmd + v粘贴)。
(3)进入 biosoft 目录后，输入 wget 指令加上述链接 （目的：下载此镜像到biosoft目录中）
bio13@VM-0-10-ubuntu:~$ cd biosoft
bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2.安装miniconda
(1)输入 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 指令安装此镜像。（安装期间根据terminal上的提示按 Enter键 和输入 yes）
bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Welcome to Miniconda3 4.8.2
In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>>
Please answer 'yes' or 'no':'
>>> yes
Miniconda3 will now be installed into this location:
/home/bio13/miniconda3
- Press ENTER to confirm the location
- Press CTRL-C to abort the installation
- Or specify a different location below
(2)安装好了以后，会有以下提示
==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==
If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup,
set the auto_activate_base parameter to false:
conda config --set auto_activate_base false
Thank you for installing Miniconda3!
(3)此时，若返回bio3总目录查看的话，会发现有两个子目录：biosoft(里面是Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 这个镜像文件)， miniconda3(里面是已经安装好的conda软件)
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ cd
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft miniconda3
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~$ cd biosoft
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ ls
Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
3.激活conda：输入 source ~/.bashrc 指令来激活
使用软件前当然要先激活软件
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc
4.进入conda查看相关信息：输入 conda 指令
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda
usage: conda [-h] [-V] command ...
conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.
Options:
positional arguments:
command
clean Remove unused packages and caches.
config Modify configuration values in .condarc. This is modeled
after the git config command. Writes to the user .condarc
file (/home/bio13/.condarc) by default.
create Create a new conda environment from a list of specified
packages.
help Displays a list of available conda commands and their help
strings.
info Display information about current conda install.
init Initialize conda for shell interaction. [Experimental]
install Installs a list of packages into a specified conda
environment.
list List linked packages in a conda environment.
package Low-level conda package utility. (EXPERIMENTAL)
remove Remove a list of packages from a specified conda environment.
uninstall Alias for conda remove.
run Run an executable in a conda environment. [Experimental]
search Search for packages and display associated information. The
input is a MatchSpec, a query language for conda packages.
See examples below.
update Updates conda packages to the latest compatible version.
upgrade Alias for conda update.
optional arguments:
-h, --help Show this help message and exit.
-V, --version Show the conda version number and exit.
conda commands available from other packages:
env
5.添加conda的镜像：输入4行清华大学的通道代码
相当于开迅雷会员，加速下载的作用；若不添加，速度会较慢，因为conda的服务器在境外
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --set show_channel_urls yes
6.速度加快后，可初步查看conda中的软件：输入 conda list 指令查看
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda list
# packages in environment at /home/bio13/miniconda3:
#
# Name Version Build Channel
_libgcc_mutex 0.1 main defaults
asn1crypto 1.3.0 py37_0 defaults
ca-certificates 2020.1.1 0 defaults
certifi 2019.11.28 py37_0 defaults
cffi 1.14.0 py37h2e261b9_0 defaults
chardet 3.0.4 py37_1003 defaults
conda 4.8.2 py37_0 defaults
conda-package-handling 1.6.0 py37h7b6447c_0 defaults
cryptography 2.8 py37h1ba5d50_0 defaults
idna 2.8 py37_0 defaults
ld_impl_linux-64 2.33.1 h53a641e_7 defaults
libedit 3.1.20181209 hc058e9b_0 defaults
libffi 3.2.1 hd88cf55_4 defaults
libgcc-ng 9.1.0 hdf63c60_0 defaults
libstdcxx-ng 9.1.0 hdf63c60_0 defaults
ncurses 6.2 he6710b0_0 defaults
openssl 1.1.1d h7b6447c_4 defaults
pip 20.0.2 py37_1 defaults
pycosat 0.6.3 py37h7b6447c_0 defaults
pycparser 2.19 py37_0 defaults
pyopenssl 19.1.0 py37_0 defaults
pysocks 1.7.1 py37_0 defaults
python 3.7.6 h0371630_2 defaults
readline 7.0 h7b6447c_5 defaults
requests 2.22.0 py37_1 defaults
ruamel_yaml 0.15.87 py37h7b6447c_0 defaults
setuptools 45.2.0 py37_0 defaults
six 1.14.0 py37_0 defaults
sqlite 3.31.1 h7b6447c_0 defaults
tk 8.6.8 hbc83047_0 defaults
tqdm 4.42.1 py_0 defaults
urllib3 1.25.8 py37_0 defaults
wheel 0.34.2 py37_0 defaults
xz 5.2.4 h14c3975_4 defaults
yaml 0.1.7 had09818_2 defaults
zlib 1.2.11 h7b6447c_3 defaults
7.搜索自己要用的软件：以数据质控软件fastqc为例（输入 conda search fastqc 指令）
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda search fastqc
Loading channels: done
# Name Version Build Channel
fastqc 0.10.1 0 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.10.1 1 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.2 1 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.2 pl5.22.0_0 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.3 0 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.3 1 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.4 0 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.4 1 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.4 2 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.5 1 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.5 4 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.5 pl5.22.0_2 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.5 pl5.22.0_3 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.6 2 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.6 pl5.22.0_0 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.6 pl5.22.0_1 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.7 4 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.7 5 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.7 6 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.7 pl5.22.0_0 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.7 pl5.22.0_2 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.8 0 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.8 1 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.8 2 anaconda/cloud/bioconda
fastqc 0.11.9 0 anaconda/cloud/bioconda
8.安装此软件：输入上述指令后，会有很多不同的版本——>默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本；如果要指定版本号，可以输入 conda install fastqc=0.11.7 -y 指令 （注：安装指令 conda install fastqc -y 【加上-y是自动安装】）
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~$ conda install fastqc -y
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 4.8.2
latest version: 4.8.3
Please update conda by running
$ conda update -n base -c defaults conda
## Package Plan ##
environment location: /home/bio13/miniconda3
added / updated specs:
- fastqc
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
ca-certificates-2019.11.28 | hecc5488_0 145 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
certifi-2019.11.28 | py37hc8dfbb8_1 149 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda-4.8.3 | py37hc8dfbb8_1 3.0 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
fastqc-0.11.9 | 0 9.7 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37| 0 386 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
fontconfig-2.12.1 | 3 429 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
freetype-2.5.5 | 2 2.5 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
libiconv-1.14 | 0 2.0 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
libpng-1.6.30 | 1 220 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
libxml2-2.9.4 | 0 3.7 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
openjdk-11.0.1 | h516909a_1016 175.5 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
openssl-1.1.1f | h516909a_0 2.1 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
perl-5.26.2 | h516909a_1006 15.4 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
python_abi-3.7 | 1_cp37m 4 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 215.3 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
fastqc anaconda/cloud/bioconda/noarch::fastqc-0.11.9-0
font-ttf-dejavu-s~ anaconda/pkgs/free/noarch::font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-0
fontconfig anaconda/pkgs/free/linux-64::fontconfig-2.12.1-3
freetype anaconda/pkgs/free/linux-64::freetype-2.5.5-2
libiconv anaconda/pkgs/free/linux-64::libiconv-1.14-0
libpng anaconda/pkgs/free/linux-64::libpng-1.6.30-1
libxml2 anaconda/pkgs/free/linux-64::libxml2-2.9.4-0
openjdk anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::openjdk-11.0.1-h516909a_1016
perl anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::perl-5.26.2-h516909a_1006
python_abi anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::python_abi-3.7-1_cp37m
The following packages will be UPDATED:
certifi pkgs/main::certifi-2019.11.28-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::certifi-2019.11.28-py37hc8dfbb8_1
conda pkgs/main::conda-4.8.2-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::conda-4.8.3-py37hc8dfbb8_1
openssl pkgs/main::openssl-1.1.1d-h7b6447c_4 --> anaconda/cloud/conda-forge::openssl-1.1.1f-h516909a_0
The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:
ca-certificates pkgs/main::ca-certificates-2020.1.1-0 --> anaconda/cloud/conda-forge::ca-certificates-2019.11.28-hecc5488_0
Downloading and Extracting Packages
perl-5.26.2 | 15.4 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
ca-certificates-2019 | 145 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
openssl-1.1.1f | 2.1 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
openjdk-11.0.1 | 175.5 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
conda-4.8.3 | 3.0 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
certifi-2019.11.28 | 149 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
fastqc-0.11.9 | 9.7 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
libiconv-1.14 | 2.0 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
fontconfig-2.12.1 | 429 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
font-ttf-dejavu-sans | 386 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
python_abi-3.7 | 4 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
libxml2-2.9.4 | 3.7 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
freetype-2.5.5 | 2.5 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
libpng-1.6.30 | 220 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
9.卸载此软件：输入 conda remove fastqc -y 指令
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda remove fastqc -y
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /home/bio13/miniconda3
removed specs:
- fastqc
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
_libgcc_mutex-0.1 | conda_forge 3 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
_openmp_mutex-4.5 | 0_gnu 435 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
cffi-1.14.0 | py37hd463f26_0 221 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
chardet-3.0.4 |py37hc8dfbb8_1006 169 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda-package-handling-1.6.0| py37h8f50634_2 945 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
cryptography-2.8 | py37hb09aad4_2 617 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
idna-2.9 | py_1 52 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
ld_impl_linux-64-2.34 | h53a641e_0 616 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
libffi-3.2.1 | he1b5a44_1007 47 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
libgcc-ng-9.2.0 | h24d8f2e_2 8.2 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
libgomp-9.2.0 | h24d8f2e_2 816 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
libstdcxx-ng-9.2.0 | hdf63c60_2 4.5 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
ncurses-6.1 | hf484d3e_1002 1.3 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
pip-20.0.2 | py_2 1.0 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
pycosat-0.6.3 |py37h8f50634_1004 107 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
pycparser-2.20 | py_0 89 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
pyopenssl-19.1.0 | py_1 47 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
pysocks-1.7.1 | py37hc8dfbb8_1 27 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
readline-7.0 | hf8c457e_1001 391 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
requests-2.23.0 | pyh8c360ce_2 47 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
ruamel_yaml-0.15.80 |py37h8f50634_1001 267 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
setuptools-46.1.3 | py37hc8dfbb8_0 634 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
six-1.14.0 | py_1 13 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
tk-8.6.10 | hed695b0_0 3.2 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
tqdm-4.44.1 | pyh9f0ad1d_0 48 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
urllib3-1.25.7 | py37hc8dfbb8_1 160 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
wheel-0.34.2 | py_1 24 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
xz-5.2.4 | h516909a_1002 375 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
yaml-0.2.2 | h516909a_1 82 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
zlib-1.2.11 | h516909a_1006 105 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 24.4 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
_openmp_mutex anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-0_gnu
libgomp anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libgomp-9.2.0-h24d8f2e_2
The following packages will be REMOVED:
alsa-lib-1.1.5-h516909a_1002
asn1crypto-1.3.0-py37_0
fastqc-0.11.9-0
font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-hab24e00_0
fontconfig-2.13.1-h86ecdb6_1001
freetype-2.10.1-he06d7ca_0
giflib-5.2.1-h516909a_2
icu-64.2-he1b5a44_1
jpeg-9c-h14c3975_1001
lcms2-2.9-hbd6801e_1
libiconv-1.15-h516909a_1006
libpng-1.6.37-hed695b0_1
libtiff-4.1.0-hc7e4089_6
libuuid-2.32.1-h14c3975_1000
libwebp-base-1.1.0-h516909a_3
libxcb-1.13-h14c3975_1002
libxml2-2.9.10-hee79883_0
lz4-c-1.8.3-he1b5a44_1001
openjdk-11.0.1-h600c080_1018
perl-5.26.2-h516909a_1006
pthread-stubs-0.4-h14c3975_1001
xorg-fixesproto-5.0-h14c3975_1002
xorg-inputproto-2.3.2-h14c3975_1002
xorg-kbproto-1.0.7-h14c3975_1002
xorg-libx11-1.6.9-h516909a_0
xorg-libxau-1.0.9-h14c3975_0
xorg-libxdmcp-1.1.3-h516909a_0
xorg-libxext-1.3.4-h516909a_0
xorg-libxfixes-5.0.3-h516909a_1004
xorg-libxi-1.7.10-h516909a_0
xorg-libxrender-0.9.10-h516909a_1002
xorg-libxtst-1.2.3-h516909a_1002
xorg-recordproto-1.14.2-h516909a_1002
xorg-renderproto-0.11.1-h14c3975_1002
xorg-xextproto-7.3.0-h14c3975_1002
xorg-xproto-7.0.31-h14c3975_1007
zstd-1.4.4-h3b9ef0a_2
The following packages will be UPDATED:
chardet pkgs/main::chardet-3.0.4-py37_1003 --> anaconda/cloud/conda-forge::chardet-3.0.4-py37hc8dfbb8_1006
conda-package-han~ pkgs/main::conda-package-handling-1.6~ --> anaconda/cloud/conda-forge::conda-package-handling-1.6.0-py37h8f50634_2
cryptography pkgs/main::cryptography-2.8-py37h1ba5~ --> anaconda/cloud/conda-forge::cryptography-2.8-py37hb09aad4_2
idna pkgs/main/linux-64::idna-2.8-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::idna-2.9-py_1
ld_impl_linux-64 pkgs/main::ld_impl_linux-64-2.33.1-h5~ --> anaconda/cloud/conda-forge::ld_impl_linux-64-2.34-h53a641e_0
libffi pkgs/main::libffi-3.2.1-hd88cf55_4 --> anaconda/cloud/conda-forge::libffi-3.2.1-he1b5a44_1007
libgcc-ng pkgs/main::libgcc-ng-9.1.0-hdf63c60_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::libgcc-ng-9.2.0-h24d8f2e_2
libstdcxx-ng pkgs/main::libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c6~ --> anaconda/cloud/conda-forge::libstdcxx-ng-9.2.0-hdf63c60_2
pip pkgs/main/linux-64::pip-20.0.2-py37_1 --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pip-20.0.2-py_2
pycosat pkgs/main::pycosat-0.6.3-py37h7b6447c~ --> anaconda/cloud/conda-forge::pycosat-0.6.3-py37h8f50634_1004
pycparser pkgs/main/linux-64::pycparser-2.19-py~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pycparser-2.20-py_0
pyopenssl pkgs/main/linux-64::pyopenssl-19.1.0-~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pyopenssl-19.1.0-py_1
pysocks pkgs/main::pysocks-1.7.1-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::pysocks-1.7.1-py37hc8dfbb8_1
readline pkgs/main::readline-7.0-h7b6447c_5 --> anaconda/cloud/conda-forge::readline-7.0-hf8c457e_1001
requests pkgs/main/linux-64::requests-2.22.0-p~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::requests-2.23.0-pyh8c360ce_2
setuptools pkgs/main::setuptools-45.2.0-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::setuptools-46.1.3-py37hc8dfbb8_0
six pkgs/main/linux-64::six-1.14.0-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::six-1.14.0-py_1
tk pkgs/main::tk-8.6.8-hbc83047_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::tk-8.6.10-hed695b0_0
tqdm pkgs/main::tqdm-4.42.1-py_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::tqdm-4.44.1-pyh9f0ad1d_0
wheel pkgs/main/linux-64::wheel-0.34.2-py37~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::wheel-0.34.2-py_1
xz pkgs/main::xz-5.2.4-h14c3975_4 --> anaconda/cloud/conda-forge::xz-5.2.4-h516909a_1002
yaml pkgs/main::yaml-0.1.7-had09818_2 --> anaconda/cloud/conda-forge::yaml-0.2.2-h516909a_1
zlib pkgs/main::zlib-1.2.11-h7b6447c_3 --> anaconda/cloud/conda-forge::zlib-1.2.11-h516909a_1006
The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:
_libgcc_mutex pkgs/main::_libgcc_mutex-0.1-main --> anaconda/cloud/conda-forge::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge
cffi pkgs/main::cffi-1.14.0-py37h2e261b9_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::cffi-1.14.0-py37hd463f26_0
ncurses pkgs/main::ncurses-6.2-he6710b0_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::ncurses-6.1-hf484d3e_1002
ruamel_yaml pkgs/main::ruamel_yaml-0.15.87-py37h7~ --> anaconda/cloud/conda-forge::ruamel_yaml-0.15.80-py37h8f50634_1001
urllib3 pkgs/main::urllib3-1.25.8-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::urllib3-1.25.7-py37hc8dfbb8_1
Downloading and Extracting Packages
idna-2.9 | 52 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
tqdm-4.44.1 | 48 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
tk-8.6.10 | 3.2 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
yaml-0.2.2 | 82 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
libgcc-ng-9.2.0 | 8.2 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
pycosat-0.6.3 | 107 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
urllib3-1.25.7 | 160 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
cryptography-2.8 | 617 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
_libgcc_mutex-0.1 | 3 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
zlib-1.2.11 | 105 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
_openmp_mutex-4.5 | 435 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
pip-20.0.2 | 1.0 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
readline-7.0 | 391 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
ruamel_yaml-0.15.80 | 267 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
setuptools-46.1.3 | 634 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
ncurses-6.1 | 1.3 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
requests-2.23.0 | 47 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
conda-package-handli | 945 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
xz-5.2.4 | 375 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
pycparser-2.20 | 89 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
cffi-1.14.0 | 221 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
libstdcxx-ng-9.2.0 | 4.5 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
pyopenssl-19.1.0 | 47 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
libffi-3.2.1 | 47 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
chardet-3.0.4 | 169 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
six-1.14.0 | 13 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
ld_impl_linux-64-2.3 | 616 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
libgomp-9.2.0 | 816 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
wheel-0.34.2 | 24 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
pysocks-1.7.1 | 27 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
10.不同的项目（如：分析转录组、基因组组装、重测序等），需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的
比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。----生信星球
(1)输入 conda info --envs 指令查看当前conda有哪些环境
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base * /home/bio13/miniconda3
——>就只有 base 一个环境
(2) 若我们要处理转录组数据，就需先建立一个名叫rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）：输入 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 指令
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /home/bio13/miniconda3/envs/rna-seq
added / updated specs:
- fastqc
- python=3
- trimmomatic
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
certifi-2019.11.28 | py38h32f6830_1 149 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
python-3.8.2 |h8356626_5_cpython 58.2 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
python_abi-3.8 | 1_cp38 4 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
readline-8.0 | hf8c457e_0 441 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
setuptools-46.1.3 | py38h32f6830_0 635 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
sqlite-3.30.1 | hcee41ef_0 2.0 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
trimmomatic-0.39 | 1 142 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
------------------------------------------------------------
Total: 61.5 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
_libgcc_mutex anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge
_openmp_mutex anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-0_gnu
alsa-lib anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::alsa-lib-1.1.5-h516909a_1002
ca-certificates anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::ca-certificates-2019.11.28-hecc5488_0
certifi anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::certifi-2019.11.28-py38h32f6830_1
fastqc anaconda/cloud/bioconda/noarch::fastqc-0.11.9-0
font-ttf-dejavu-s~ anaconda/cloud/conda-forge/noarch::font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-hab24e00_0
fontconfig anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::fontconfig-2.13.1-h86ecdb6_1001
freetype anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::freetype-2.10.1-he06d7ca_0
giflib anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::giflib-5.2.1-h516909a_2
icu anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::icu-64.2-he1b5a44_1
jpeg anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::jpeg-9c-h14c3975_1001
lcms2 anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::lcms2-2.9-hbd6801e_1
ld_impl_linux-64 anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::ld_impl_linux-64-2.34-h53a641e_0
libffi anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libffi-3.2.1-he1b5a44_1007
libgcc-ng anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libgcc-ng-9.2.0-h24d8f2e_2
libgomp anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libgomp-9.2.0-h24d8f2e_2
libiconv anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libiconv-1.15-h516909a_1006
libpng anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libpng-1.6.37-hed695b0_1
libstdcxx-ng anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libstdcxx-ng-9.2.0-hdf63c60_2
libtiff anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libtiff-4.1.0-hc7e4089_6
libuuid anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libuuid-2.32.1-h14c3975_1000
libwebp-base anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libwebp-base-1.1.0-h516909a_3
libxcb anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libxcb-1.13-h14c3975_1002
libxml2 anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libxml2-2.9.10-hee79883_0
lz4-c anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::lz4-c-1.8.3-he1b5a44_1001
ncurses anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::ncurses-6.1-hf484d3e_1002
openjdk anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::openjdk-11.0.1-h600c080_1018
openssl anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::openssl-1.1.1f-h516909a_0
perl anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::perl-5.26.2-h516909a_1006
pip anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pip-20.0.2-py_2
pthread-stubs anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::pthread-stubs-0.4-h14c3975_1001
python anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::python-3.8.2-h8356626_5_cpython
python_abi anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::python_abi-3.8-1_cp38
readline anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::readline-8.0-hf8c457e_0
setuptools anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::setuptools-46.1.3-py38h32f6830_0
sqlite anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::sqlite-3.30.1-hcee41ef_0
tk anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::tk-8.6.10-hed695b0_0
trimmomatic anaconda/cloud/bioconda/noarch::trimmomatic-0.39-1
wheel anaconda/cloud/conda-forge/noarch::wheel-0.34.2-py_1
xorg-fixesproto anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-fixesproto-5.0-h14c3975_1002
xorg-inputproto anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-inputproto-2.3.2-h14c3975_1002
xorg-kbproto anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-kbproto-1.0.7-h14c3975_1002
xorg-libx11 anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libx11-1.6.9-h516909a_0
xorg-libxau anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxau-1.0.9-h14c3975_0
xorg-libxdmcp anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxdmcp-1.1.3-h516909a_0
xorg-libxext anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxext-1.3.4-h516909a_0
xorg-libxfixes anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxfixes-5.0.3-h516909a_1004
xorg-libxi anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxi-1.7.10-h516909a_0
xorg-libxrender anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxrender-0.9.10-h516909a_1002
xorg-libxtst anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxtst-1.2.3-h516909a_1002
xorg-recordproto anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-recordproto-1.14.2-h516909a_1002
xorg-renderproto anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-renderproto-0.11.1-h14c3975_1002
xorg-xextproto anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-xextproto-7.3.0-h14c3975_1002
xorg-xproto anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-xproto-7.0.31-h14c3975_1007
xz anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xz-5.2.4-h516909a_1002
zlib anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::zlib-1.2.11-h516909a_1006
zstd anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::zstd-1.4.4-h3b9ef0a_2
Downloading and Extracting Packages
sqlite-3.30.1 | 2.0 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
python_abi-3.8 | 4 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
python-3.8.2 | 58.2 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
trimmomatic-0.39 | 142 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
setuptools-46.1.3 | 635 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
readline-8.0 | 441 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
certifi-2019.11.28 | 149 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
# $ conda activate rna-seq
#
# To deactivate an active environment, use
#
# $ conda deactivate
(3)激活新的conda环境：输入 conda activate rna-seq 指令
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda activate rna-seq
(rna-seq) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$