11.2 GWAS流程学习

主要使用plink和structure：

1、在snp-calling后得到vcf文件

2、基因型填充： https://www.jianshu.com/p/dafd1e6e4a98   使用beagle

3、数据质量控制 MAF -geno -mind

4、预处理 kinship（个体间的亲缘关系） PCA 

    之后使用GLM+PCs矫正

5、关联分析

t-test  anova

case-control :卡方   OR   logistic

quantative： GLM MLM  EMMAX  fast-LMM

6、Bonferroni

7、可视化