R包安装的一些经验总结

在安装R包的过程中，经常会遇到conda安装不上的情况

场景：R虚拟环境的迁移
有的时候老的R包版本过低等问题，导致环境直接迁移会出现问题

## 从源虚拟环境生成依赖文件
conda list > requirements.txt
## 可以先通过requirement.txt 安装上能安装上的包， 安装不成功的暂时忽略
while read requirement; do conda install --yes $requirement; done < requirements.txt

然后，再对漏掉的R包进行单独安装
有以下几种方式：

1. 直接进入R交互环境， 可解决少数conda install 安装失败的情况

install.packages("rsvg")  ## 安装漏掉的 rsvg包

2. 去 https://anaconda.org/ 上搜索安装包的名字
   如 phyloseq 这个包在R3.6.1上无法通过第一种方式安装成功，
   
   1676344150143.png
   
   可以发现，在这上边搜索到的包的名字叫 bioconductor-phyloseq
   点进去 复制代码进行conda安装

conda install -c bioconda bioconductor-phyloseq

3. 通过源码安装
   在 https://cran.r-project.org/ 网站上搜索到 需要安装的R包
   比如 通过上面两种方式安装不上 tidyfst包， 于是
   
   1676344512181.png
   
   搜索出来是上面的结果，可以看到 tidyfst包还依赖 | data.table (≥ 1.13.0), fst (≥ 0.9.0), stringr (≥ 1.4.0) | （同时也要查看 这三个包的依赖包是否有安装，如果没有，要先安装依赖包的依赖包）

进入需要安装的目标环境， 查看R包的安装目录，并记住这个目录。

#查看包的目录
> .libPaths()
[1] "/PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library"

进入包的安装目录， 下载相应的安装包， 通过R CMD INSTALL命令安装

# 切换目录
(R3.6.1) [m00@comput1 R3.6.1]$ cd /PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library

# 编写执行脚本
[root@hdp04 library]# vim install_tidyfst_packages.sh
#!/bin/bash
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/data.table_1.14.6.tar.gz  ## 依赖包
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/fst_0.9.8.tar.gz  ## 依赖包
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/stringr_1.5.0.tar.gz  ## 依赖包
# wget https://cran.r-project.org/src/contrib/tidyfst_1.7.6.tar.gz ## tidyfst 安装包
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/tidyfst/tidyfst_1.0.0.tar.gz

wget https://cran.r-project.org/src/contrib/fstcore_0.9.14.tar.gz ### fst 包的依赖
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rcpp_1.0.10.tar.gz    ### fst 包的依赖 fstcore包的依赖

R CMD INSTALL --library=/PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library/ Rcpp_1.0.10.tar.gz
R CMD INSTALL --library=/PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library/ fstcore_0.9.14.tar.gz

R CMD INSTALL --library=/PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library/ fst_0.9.8.tar.gz

R CMD INSTALL --library=/PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library/ data.table_1.14.6.tar.gz


wget https://cran.r-project.org/src/contrib/rlang_1.0.6.tar.gz  ### stringr 包的依赖
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/stringi_1.7.12.tar.gz  ### stringr 包的依赖
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/glue_1.6.2.tar.gz  ### stringr 包的依赖
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/lifecycle_1.0.3.tar.gz ### stringr 包的依赖
R CMD INSTALL --library=/PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library/ rlang_1.0.6.tar.gz
R CMD INSTALL --library=/PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library/ stringi_1.7.12.tar.gz
R CMD INSTALL --library=/PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library/ glue_1.6.2.tar.gz
R CMD INSTALL --library=/PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library/ lifecycle_1.0.3.tar.gz

R CMD INSTALL --library=/PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library/ stringr_1.5.0.tar.gz

# R CMD INSTALL --library=/PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library/ tidyfst_1.7.6.tar.gz   # 安装包存在语法错误
R CMD INSTALL --library=/PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library/ tidyfst_1.0.0.tar.gz   ## 更换其他版本的安装包

export R_LIBS=/PERSONALBIO/work/microbio/m00/project/MetaDenovo_V1/envs/miniconda3/envs/R3.6.1/lib/R/library

rm *.tar.gz
# 给脚本添加可执行权限
[root@hdp04 library]# chmod +x install_tidyfst_packages.sh
# 执行脚本，下载并安装
[root@hdp04 library]# bash install_tidyfst_packages.sh
#查看包
> library(tidyfst)

Life's short, use R.

这一步会比较繁琐，但是操作不是很困难，查看报错信息安装相应的依赖包的源码安装即可。
在这里，还有一个安装包的语法问题，推测是作者在打包的时候没有注意代码的格式问题，导致执行源码文件失败，最简单的解决方式就是看一下之前版本的安装包是否有可用的，直接下载安装即可。这里，本人一直尝试到 1.0.0的版本才安装成功。（如果你有能力修复安装包的bug就最好了）

1676345070230.png

1676345144163.png

4. 基于 bioconductor安装
   这个可以自行搜索，本人尝试过程中不是很好用。

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()
BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

5. github上的issue 给出的解决方法 devtools::install_github()

1676355582190.png

install.packages("devtools")
devtools::install_github("YuLab-SMU/ggtree")
## 终于安装成功