2020-02-08 wget（含参数技巧）下载eggNOG数据库、安装以及碰到的问题

这篇可序着这篇接着看《有关hmmer3的安装与环境配置（以及eggnog-mapper安装）》，只是关于这个软件由于数据库下载问题又等了几天，这篇文也迟了几天。

一、使用wget下载所需要的的eggNOG数据库

wget -c -b -i eggNOGdb_link.txt

eggNOGdb_link.txt里面放的是我所需要下载的10个url文件，约90G

-c 完成未完成的下载，下载到一半需要停下来干别的事情，用^c就可以停顿住；回来后，继续下载可以加一个-c参数。在容易断网、断联服务器以及突然断电的情况下很保险，但是据说不能和-m同用，具体额没用到，在此不多说《注意：如果不加入-c，那么下载的文件会多出一个.1的后缀》

-b 后台下载；下载经过写入到wget-log文件中。用tail -f wget-log（-f是实时查看）查看下载日志，ctrl+c退出查看。

-i 可以把多个下载链接写入到一个.txt文件中，然后用-i 可下载。

等待文件下载，然后经过刚刚那个文章，以及查看下载的文章，额应该需要把之前的未下载的那两个文件重新下载。

二、使用eggnog-mapper进行分析以及遇到的问题

经过一天多的下载，终于完成了官网数据库的下载，但是，上帝好像跟额开了个玩笑，当我今天中午去用emmper.py执行注释文件的时候，报错，报什么错呢，是的，是说指定的数据库不存在！

python emapper.py -i ~/S115/115.pep --output 115_bact -d bact --usemem --cpu 8

参数的相关解释可看这文：https://www.jianshu.com/p/e646c0fa6443

报错

但是我明明下载了数据库，100多个G，在soft目录下新建了文件夹，存放在里面，而且为防止发生意外，以及根据几篇博文的例子，大家都是先把数据库放在安装软件的目录下（我就把它mv到了含有直接可执行py脚本的目录下），据说还可以使用软链接，防止database太大，软件目录小，但是但是没有用到，所以我暂时没有管。

三、软件下载解决（撒花）

我心想再尝试一下用download脚本下载bact的数据库吧，结果同前篇一样报错。后来我想起之前有人说是那个脚本的问题，让我自行下载数据库。我想起之前搜到的信息，有人也和我遇到一样的问题-----无法读取自行下载的数据库，然后那篇博文里的大牛回，可能是版本的问题，让等着最新的版本就可以了。

（总结：1）自行下载的数据库读取不到-----可能要等到新版本出来才可；2）down脚本的下载不了的问题，py脚本的问题）

这就促使我想起了版本的问题，记得当时下载database的时候有看到过不同的，我非得下最新的，结果最新的download脚本偶问题。然后记起自己曾看到过的一篇文章https://www.jianshu.com/p/847855ca95aa，这里下载的是1.0.3的版本，之前那个软件版本也没有写，直接从github上下载的，也不显示版本。

再下载后，解压查看readme，显示1.0.3对应的是 4.5数据库，于是赶忙查看之前下载的版本，发现是5.0的。

cd ~/software

wget https://github.com/jhcepas/eggnog-mapper/archive/1.0.3.tar.gz

tar xvzf 1.0.3.tar.gz

cd eggnog-mapper-1.0.3

cd eggnog-mapper

额就抱着尝试一下的态度输入了让额崩溃的dowm脚本，希望能下载到数据库

./download_eggnog_data.py  bact 

结果，没问题，成功不报错了，现在正在等待数据库下载的时间来写这篇记录，希望后面进行顺利！！

首先是4.5.1的OG2level数据库

接着提示我要不要下载注释数据库，比较大

完结，撒花，祝自己接下来分析好运！

参考：

1、wget实用技巧https://www.cnblogs.com/Dennis-mi/articles/5481301.html

2、wget命令详解(断点续传,批量下载)https://blog.csdn.net/doloveme/article/details/84605124

3、Linux：wget后台下载/查看后台任务进度（专讲-b c f）https://blog.csdn.net/wanglc7/article/details/85136418

4、关于eggNOG数据库的注释(2016.12.22)http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vpb2.html