cellranger处理单细胞数据的一些错误记录

1、由于fastq不完整报错

报错信息

[error] Pipestance failed. Error log at:
YS2310077_T_C_5/SC_RNA_COUNTER_CS/SC_MULTI_CORE/MULTI_CHEMISTRY_DETECTOR/DETECT_COUNT_CHEMISTRY/fork0/chnk0-udb317916c0/_errors

Log message:
FASTQ file does not appear to be valid. Input FASTQ file must be gzip or lz4 compressed, or must begin with the '@' symbol: file: "/FASTQ/1077-5-FASTQ/data/raw_fastq/YS2310077_T_C_5/T_C_5_S32_L4_R1_001.fastq.gz", line: 0

原因

问题出现在 cellranger count 处理过程中对 FASTQ 文件的验证上。错误消息指出，FASTQ 文件 “T_C_5_S32_L4_R1_001.fastq.gz” 在第 0 行出现问题，可能是由于文件格式不正确或未被正确压缩。

解决方案

1、文件压缩问题：确保 FASTQ 文件是用 gzip 或 lz4 格式压缩的。可以使用命令 file T_C_5_S32_L4_R1_001.fastq.gz 来检查文件类型，确保它显示为 gzip compressed data。

2、文件损坏：可能是文件在传输或存储过程中损坏。尝试重新从原始数据源获取 FASTQ 文件。

3、文件格式错误：FASTQ 文件应该以 ‘@’ 符号开始。您可以使用 zcat T_C_5_S32_L4_R1_001.fastq.gz | head 命令来检查文件的前几行，确认它们是否以 ‘@’ 开头。

4、重新下载或生成 FASTQ 文件：如果文件确实损坏或格式错误，您可能需要重新从您的测序平台获取或重新生成 FASTQ 文件。

2、化学版本选择错误

报错信息

[error] Pipestance failed. Error log at:
YS2310061_T_H_5/SC_RNA_COUNTER_CS/SC_MULTI_CORE/MULTI_CHEMISTRY_DETECTOR/DETECT_COUNT_CHEMISTRY/fork0/chnk0-u5e697a7398/_errors

Log message:
An extremely low rate of correct barcodes was observed for all the candidate chemistry choices for the input: Sample T_H_5 in "/data/mnt/data2/zengwanqin/01data/YN_data/fastq/YS2310061_T_H_5". Please check your input data.
- 0.1% for chemistry SC3Pv3
- 0.1% for chemistry SC3Pv3HT
- 0.0% for chemistry SC5P-PE
- 0.0% for chemistry SC3Pv2
- 0.0% for chemistry SC3Pv3LT

原因

在处理样本时发现了极低的正确条形码（barcode）比率。这通常意味着输入的数据存在某种问题。错误日志显示了对于不同化学版本的测试结果，所有测试的正确条形码比率都非常低。

解决方案

1、检查样本和库的质量：低质量的样本或库可能导致低条形码识别率。确保 RNA 样本的质量良好，且图书馆准备过程中没有错误。

2、确认化学版本：确保您使用的是与您的测序实验相匹配的正确的化学版本。使用不正确的化学版本可能导致条形码无法正确识别。更改cellranger count 命令中的 --chemistry 参数。正确的化学版本选择通常会反映在单细胞数据的分布和质量上，例如细胞的数量、每个细胞检测到的基因数量等。确认化学版本后代码如下：

cellranger count --id=xxx \
                 --transcriptome=xxx
                 --fastqs=xxx
                 --sample=xxx \
                 --localcores=32 \
                 --expect-cells=5000 \
                 --chemistry=xxxx