2021-08-13 可视化kegg通路-pathview包本地化及中断处理

Pathview是一个可视化KEGG通路的R包，它会在线从KEGG网站上下载KEGG通路，并进行个性化处理，例如填上不同的颜色 。

效果图：

单个通路作图可以使用KEGG主页在线制作，但是如果要再流程中使用，特别是在linux服务器上搭建流程，最好是把KEGG所有通路图（xml格式）都提前下载下来，这样可以避免很多网络错误，提高流程效率。

数据库本地下载命令：

library(pathview)

setwd("kegg_pathway_view/")

read.csv("KEGG_class_20210806.csv",header=T)->all

#把所有待下载的hsaXXXX id放在这个文件

for(i in 276:nrow(all)){ #循环下载

id=all[i,6]  #eg .id=hsa00054

id_no<-sub('^...','',id) #此处是把 hsa去掉，如 hsa00054 改变为00054

print(id_no)

name=paste("data_test",id,sep = "",collapse = "")

test <- try(pv.out <- pathview(gene.data = data,

                                pathway.id = id_no,

                                species = "hsa",

                                out.suffix = name,

                                width=10,

                                height=8))

if ('try-error' %in% class(test)) next   #避免下载是报错，退出！！！

}

下载后的文件：

把所有hsaXXX.xml 和hsa XXX.png 放在一个文件夹内本地数据库就完成了。

利用本地数据库作图：

pv.out <- pathview(gene.data = data,

                  pathway.id = "05014",

                  species = "hsa",

                  out.suffix = "data_test",

                  kegg.dir="C:/Users/zhaox/Desktop/tmp",  #这里就是上一步做的本地数据库。

                  width=10,

                  height=8)