【生物学软件】PyMol的初级使用之安装篇

写在前面
结构生物学的迅猛发展使得我们能够看到蛋白质的三维结构，并能够对其特定的氨基酸进行人为地修改，从而能够更好地解释"点突变"。同时，Alphafold2的出现，降低了我们接触结构生物学的门槛。而结构生物学的原始数据是原子位点在三维空间上的坐标，这对于人类这个视觉动物是很不方便的，在这种情况下，PyMol就应运而生。 PyMol作为一款优秀的结构生物学可视化软件，受到了大家的青睐。而我本人也是基于兴趣和课题角度，系统地学习一下这个软件的使用，方能不被时代所抛弃。

1.使用windows下的python安装PyMol的预编译版本

    在词条搜索PyMol也可以下载对应windows版本，但是与用python安装的这个版本比，一是安装过程不够高级；二是功能上存在部分缺失，并且老是弹出激活PyMol这个选项，RMB玩家可以选择，常规玩家可以绕路了。
    你可以去下面这个链接选择合适自己的电脑型号的anaconda版本。(https://repo.anaconda.com/archive/)。
这里博主采用的是Anaconda2-5.3.1-Windows-x86_64.exe。
    下载安装后，打开‘cmd’，输入你安装的绝对路径+python，如我的是，C:\Users\gongxiangyu\Anaconda2，提示python版本，则安装成功。

image.png

2.下载相关的wheel文件

匹配上述python版本的wheel文件如下
1.numpy+mkl 如 numpy‑1.14.6+mkl‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl代表python2.7 64bit的python和系统。
2.pymol 如pymol‑2.1.0‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl
3.pymol_launcher 如： pymol_launcher‑2.1‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl
下载链接如下：
https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/
我找到的版本与博主的不同，具体如下。

• [numpy‑1.16.6+mkl‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl](javascript:; "[37.5 MB] [Jun 04, 2020]")

• [pymol‑2.1.0‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl](javascript:; "[8.3 MB] [Mar 13, 2018]")

• [pymol_launcher‑2.1‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl](javascript:; "[218 KB] [Mar 13, 2018]")

将whl 文件放到c盘的根目录下(也就是安装python的地方)，然后在cmd或者powershell窗口下运行下述命令就可以完成pymol的安装:

Anaconda2\python.exe -m pip install "C:numpy-1.16.6+mkl-cp27-cp27m-win_amd64.whl"
Anaconda2\python.exe -m pip install "C:pymol‑2.1.0‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl"
Anaconda2\python.exe -m pip install "C:pymol_launcher‑2.1‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl"

安装完成后，就能在anaconda2路径下找到PyMol.exe文件，将其发送到桌面快捷方式就可以使用PyMol了。
参考链接:
http://pymol.chenzhaoqiang.com/intro/install.html