Stenotrophomonas indicatrix BOVIS40基因组组装练习

得到SRR登录号

文章链接为Draft Genome Sequencing of Stenotrophomonas indicatrix BOVIS40 and Stenotrophomonas maltophilia JVB5, Two Strains with Identifiable Genes Involved in Plant Growth Promotion | Microbiology Resource Announcements

ENA数据库.png

安装SRA toolkit

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下载SRA toolkit
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.2/sratoolkit.2.11.2-centos_Linux64.tar.gz 
#解压软件包
tar xzvf sratoolkit.2.11.2-contos_Linux64.tar.gz
#修改环境变量
echo export PATH=$PATH:~/src/edirect:~/src/sratoolkit.2.11.2-centos_linux64/bin >> ~/.bashrc
#查看安装结果
prefetch -h

利用prefetch下载序列

#下载序列
prefetch SRR13883846

下载成功.jpg

解压SRA文件

fastq-dump --gzip --split-files /disk/201931107010030/SRR13883846/SRR13883846.sra
gunzip -c SRR13883846_1.fastq.gz

fastq-dump解压完成.jpg

质控

fastqc /disk/201931107010030/SRR13883846_1.fastq.gz -o ~
fastqc /disk/201931107010030/SRR13883846_2.fastq.gz -o ~

质控完成.jpg

下载生成的report.html文件后，可以直接通过浏览器打开html，就可以看到FastQC给出的所有结果
左边是12项指标的概要，右边是各项指标对应的结果，每项结果的颜色包括绿色√（合格），黄色！（警告）和红色×（不合格）。右上角是报告生成的日期和对应的文件名称。所有指标参见文章FastQC详解

质控结果为

质控结果1.jpg

质控结果2 2021-10-31 175550.jpg

去接头

java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 /disk/201931107010030/SRR13883846_1.fastq.gz /disk/201931107010030/SRR13883846_2.fastq.gz ./trim_out_SRR13883846/output_forward_paired.fq.gz ./trim_out_SRR13883846/output_forward_unpaired.fq.gz ./trim_out_SRR13883846/output_reverse_paired.fq.gz ./trim_out_SRR13883846/output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/disk/teaching/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:75

SRR138去接头.jpg

Spades组装基因组

spades.py --careful --pe1-1 /disk/201931107010030/trim_out_SRR13883846/output_forward_paired.fq.gz --pe1-2 /disk/201931107010030/trim_out_SRR13883846/output_reverse_paired.fq.gz -o ./work

组装完成.jpg

Quast评价组装的基因组效果

quast.py trim_out_SRR13883846/contigs.fa -o quast_SRR13883846

quast完成.jpg

评价组装效果1.png

评价组装效果2.png