Bioperl的安装以及使用npm安装

2020-02-19

首先登陆上bioperl官网  https://metacpan.org/release/BioPerl

注：以下都是在我的env下进行

一、Bioperl安装

1、进度对应模块儿（需要安装的东西）界面

点击侧边的install instructions，如图1（这个是blastutils的模块儿界面）

图1（这个模块儿和VFDB有关）和这个链接的东西相关 https://npm.taobao.org/package/blastutils/v/1.1.15

2、按照instructions安装

点击，出现以下提示,，如图2（注意，图2是bioperl的安装，不是任何其他模块儿的安装说明）

1）

图2（安装bioperl）

根据图2在我的环境下执行这两个命令，安装结束后点击 q 退出perl

2）

图3（与ARDB相关bio：：seqIO） http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-1059379.html 

二、使用npm安装

另一个shell执行了

npm install blastutils

npm install node-tool-utils --save

参考https://npm.taobao.org/package/node-tool-utils

参考：

1、bioperl安装（无需root权限）https://www.jianshu.com/p/f348464c52da （后面执行build不存在，这个失败）

2、https://metacpan.org/release/BioPerl  （根据官网安装提示直接安装，时间较长，中间需要y）

3、https://npm.taobao.org/package/node-tool-utils （使用npm安装的提示）