在线作图丨做一张叠加mantel test的相关性热图

下边这张图摘自2015年的Science(暂且叫他Mantel test和相关性热图的组合图吧),这张图在各大论坛都有R语言的教程,今天小编教大家如何不使用R语言,分分钟在线做出这样的高水平图片。参考文献:Structure and function of the global ocean microbiome (Fig. 5B).

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Q1:什么是Mantel test?
Mantel test分析对两个矩阵相关关系进行检验。)可以Mantel test 多用在生态学上,用来检验群落距离矩阵(如 Bray-Curtis distance matrix)和环境变量距离矩阵(如 pH, 温度 或者地理位置的差异矩阵)之间的相关性(Spearman 系数。Mantel test的相关性系数越大,p值越小,则说明环境因子对微生物群落的影响越大。同时,mantel test的偏分析(partial Mantel test等)可排除环境因子之间自相关的干扰。

Q2:如何在线做一个Mantel test和热图的组合图?
小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图(www.cloudtutu.com,免费的哦~),操作步骤如下:
①登录网址:www.cloudtutu.com(推荐使用360或者谷歌浏览器)
②输入用户名和密码(小编已经为大家填好了,如果不显示可添加文末二维码添加小编获取),输入验证码后即可登录;
③登录后在工具一栏(高级分析)里找到Mantel test分析,点击进入;
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作,即可在2分钟内获得一张精美的普氏分析图喽~

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Step 1 上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。
平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别。
本分析需要上传两个文件,文件格式比较复杂,请各位客官耐心调整。(如有疑问,请添加文末小编微信咨询)

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1.1 数据文件整理:将多个数据矩阵合并为一个数据矩阵,使得第一列为样品名称,第一行为元素名称,如:微生物OTU表+基因表达量矩阵+抗生素抗性基因丰度,操作流程如下:


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注意:※需要对数据文件中数据进行分组,每个分组对应图中热图外的一个元素,可以在绘图区的下方对分组信息进行在线编辑,也可点击“输入分组”手动粘贴分组信息,如图:第一列为因子名称,第二列为因子分类,如下图。


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1.2 环境因子文件:
a) 与组内相关性热图数据矩阵相似,数据形式参照示例数据或者下图,环境因子文件上传后系统根据样品名自动进行分组。


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b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU,基因ID、身高、代谢物名称等。
c)请提交.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后上传该文件。

Step 2 设置参数


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2.1 热图颜色:用来调整相关性热图的配色;
2.2 相关性线颜色:用来调整相关性连线的颜色;
2.3 填充形状
a)圆形:圆形面积大小代表相关性大小;
b)椭圆:椭圆面积大小代表相关性大小,椭圆的不同方向表示正相关或负相关;
c)矩形:矩形面积大小代表相关性大小
d)星形:星形的大小代表相关的高低

Step 3 下载文件

根据个人需求进行参数调整后点击运行,平台提供PDF格式的矢量图下载,以下是小编自行绘制的几个图,是不是还不错!(https://upload-images.jianshu.io/upload_images/26236226-6b2446ddfecb6972?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)

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Step 4 作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件(Inkscape或AI)进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加微信获取。

Step 5 写作建议
Pairwise comparisons of environmental factors are shown, with a color gradient denoting Spearman’s correlation coefficients. Taxonomic [based on two independent methods: mitags (12) and mOTUs (13)] and functional (based on biochemical KEGG modules) community composition was related to each environmental factor by partial (geographic distance– corrected) Mantel tests. Edge width corresponds to the Mantel’s r statistic for the corresponding distance correlations, and edge color denotes the statistical significance based on 9,999 permutations. (参考文献:Structure and function of the global ocean microbiome, DOI:10.1126/science.1261359)

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