R语言【paleobioDB】——pbdb_map()：根据化石记录绘制地图

 Package paleobioDB version 0.7.0

paleobioDB 包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDB v1 API。

可以选择在Index of /src/contrib/Archive/paleobioDB (r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。

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Usage

pbdb_map (data, col.int="white" ,pch=19, col.ocean="black", main=NULL,
col.point=c("light blue","blue"), ...)

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Arguments

参数【data】：输入的数据，数据帧格式。可以通过 pbdb_occurrences() 函数 传参 show = “coords” 获得数据。

参数【col.int】：大陆的颜色。

参数【pch】：详见 par。

参数【col.ocean】：大洋的颜色。

参数【main】：地图标题。详见 par。

参数【col.point】：两种及以上颜色。用来在地图上通过渐变色展示化石记录点。

参数【...】：其他参数。详见 par 和 map。

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Details

此函数打开一个新窗口展示地图。

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Value

地图上显示了化石记录的分布，根据每个栅格中分布的记录数量，通过渐变色展示。

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Example

> data<- pbdb_occurrences (limit="all", vocab= "pbdb",
+                          base_name="Canis", show="coords")
> X11(width=12, height=8)
> pbdb_map(data)

pbdb_map(data, pch=1)

pbdb_map(data,pch=19,col.point=c("pink","red"), col.ocean="light blue",
main="canis")

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Page

function (data, col.int = "white", pch = 19, col.ocean = "black", 
    main = NULL, col.point = c("light blue", "blue"), ...) 
{
    if (sum((colnames(data) %in% c("lat", "lng"))) != 2) {
        stop("Invalid data input. Use in \"pbdb_occurrences\" function the argument: show=\"coords\". e.g. pbdb_occurrences(..., show=\"coords\").\n             See \"pbdb_map\" help page")
    }
    .add.ColOcean(col.ocean, col.int, ...)
    Y <- .extract.LatLong(data)
    Y1 <- .add.Points(Y, col.point, pch, ...)
    title(main = main, line = 1, ...)
    .add.Legend(Y1, col.int, pch, ...)
}