「TBtools」与「用户」让所有人掌握基因差异表达分析，共表达网络分析，相关系数分析...

写在前面

前述，写了一个推文，大体是《即日起「TBtools」关闭「高速插件商店」，让往事随风~》。简单来说，舍去了两个辅助插件安装的插件，因为时代已经不需要他们。我们选择了另外一种方式，可以让用户跟安装 TBtools 其他所有插件一样，轻松安装「R 插件」。
至于，为什么我现在一定要做这个事情？因为，我受够了。前几天，我花了整整两天的时间，在服务器上，私活安装不上 DESeq2 和 WGCNA，最后发现要么是gcc版本问题，conda库和bioconda库的版本不对齐问题，更或者就是网络不行...总的来说，安装软件，我是真的不想干这个事情。打成稳定插件，没那么多事。最后我还是用 TBtools 把差异表达分析做了....

TBtools-R插件介绍

简单来说，R插件基于R语言运行环境。两年前，「TBtools」文稿发表后，我们即致力于实现一个方便用户共同开发的平台，其中「R插件」是最关键功能。因为基于这个功能，愿意分享的用户，完全可以基于手上的R脚本，制备出一个可分享的 TBtools-R 插件。
目前来说，TBtools 中已有不少 R 语言插件。

其中只有一个插件是我写的，剩余都是老铁用户们写的，大体功能是：

1. WGCNAshiny：王骁老铁打了一个 WGCNA（共表达网络分析）的 ShinyApp，TBtools 用户现在只需要安装这个插件就可以直接使用对应功能，几乎不可能存在安装或者运行不了的问题
2. GO Bubble：用于基于TBtools富集分析结果，绘制气泡图
3. Batch Bubble Plot：用于基于多个 TBtools 富集分析结果，绘制多组比较的气泡图
4. BarPlot Shiny：邵老铁写的一个ShinyApp，帮助用户绘制各种类型的，标注显著性的柱形图，感觉很不错
5. Sample Distance：快速计算表达矩阵样品距离
6. CorrPlot 和 SuperCorrPlot：用户快速计算和绘制样品相关系数
7. Batch DEGs Analysis Tools：利虎老铁做的，同时使用 DESeq2 和 EdgeR 软件进行差异表达分析，并自动整合到一个文件
8. Sankey Plot：绘制桑基图，不少人还是感兴趣，尤其在分组变化上
9. Differential Gene Expression Analysis-DESeq2 Wrapper：我写的，DESeq2做基因差异表达分析，说实话，挺好用的

当然，还有其他，不过暂时没有整合进来。

插件商店中遇到的两种插件安装方式

需要注意，现在已经没有告诉插件商店了。因为我换了一个带宽大一些的主机，逻辑上是不需要高速插件商店了。整体现在的操作是，只有一个插件商店（注意，需要更新TBtools版本到至少1.098769）。选择一个你要安装的插件，如果这个插件相对比较小，那么插件会自动被安装好，比如，

逻辑上，这些插件现在安装应该很快。
而如果对于 R 插件或者其他相对大的插件，那么你点击后，会自动跳转到「奶牛快传」的页面，比如

随后会跳转到奶牛快传的页面

下载文件

随后通过 「Install Plugin」功能，选择刚下载的文件，即可完成安装
「PS：一定要注意，所有R语言插件运行的基础是，先安装过 Rserver 插件」

插件的使用，安装后，跟正常功能使用没区别....

PS：注意到，现在推荐插件作者将功能引用信息添加到配置文件，这样一方面方便用户引用，一方面也是对作者劳动的尊重（PS：使用R插件，不需要引用TBtools，直接参考作者提供的引用方式引用即可）

写在最后

归根结底，我们还是想着，怎么让所有人都有数据分析的能力？不至于总是依赖其他人，或者求着谁谁谁？