「TBtools」与「用户」让所有人掌握基因差异表达分析,共表达网络分析,相关系数分析...

写在前面

前述,写了一个推文,大体是《即日起「TBtools」关闭「高速插件商店」,让往事随风~》。简单来说,舍去了两个辅助插件安装的插件,因为时代已经不需要他们。我们选择了另外一种方式,可以让用户跟安装 TBtools 其他所有插件一样,轻松安装「R 插件」。
至于,为什么我现在一定要做这个事情?因为,我受够了。前几天,我花了整整两天的时间,在服务器上,私活安装不上 DESeq2 和 WGCNA,最后发现要么是gcc版本问题,conda库和bioconda库的版本不对齐问题,更或者就是网络不行...总的来说,安装软件,我是真的不想干这个事情。打成稳定插件,没那么多事。最后我还是用 TBtools 把差异表达分析做了....

TBtools-R插件介绍

简单来说,R插件基于R语言运行环境。两年前,「TBtools」文稿发表后,我们即致力于实现一个方便用户共同开发的平台,其中「R插件」是最关键功能。因为基于这个功能,愿意分享的用户,完全可以基于手上的R脚本,制备出一个可分享的 TBtools-R 插件。
目前来说,TBtools 中已有不少 R 语言插件。



其中只有一个插件是我写的,剩余都是老铁用户们写的,大体功能是:

  1. WGCNAshiny:王骁老铁打了一个 WGCNA(共表达网络分析)的 ShinyApp,TBtools 用户现在只需要安装这个插件就可以直接使用对应功能,几乎不可能存在安装或者运行不了的问题
  2. GO Bubble:用于基于TBtools富集分析结果,绘制气泡图
  3. Batch Bubble Plot:用于基于多个 TBtools 富集分析结果,绘制多组比较的气泡图
  4. BarPlot Shiny:邵老铁写的一个ShinyApp,帮助用户绘制各种类型的,标注显著性的柱形图,感觉很不错
  5. Sample Distance:快速计算表达矩阵样品距离
  6. CorrPlot 和 SuperCorrPlot:用户快速计算和绘制样品相关系数
  7. Batch DEGs Analysis Tools:利虎老铁做的,同时使用 DESeq2 和 EdgeR 软件进行差异表达分析,并自动整合到一个文件
  8. Sankey Plot:绘制桑基图,不少人还是感兴趣,尤其在分组变化上
  9. Differential Gene Expression Analysis-DESeq2 Wrapper:我写的,DESeq2做基因差异表达分析,说实话,挺好用的

当然,还有其他,不过暂时没有整合进来。

插件商店中遇到的两种插件安装方式

需要注意,现在已经没有告诉插件商店了。因为我换了一个带宽大一些的主机,逻辑上是不需要高速插件商店了。整体现在的操作是,只有一个插件商店(注意,需要更新TBtools版本到至少1.098769)。选择一个你要安装的插件,如果这个插件相对比较小,那么插件会自动被安装好,比如,



逻辑上,这些插件现在安装应该很快。
而如果对于 R 插件或者其他相对大的插件,那么你点击后,会自动跳转到「奶牛快传」的页面,比如



随后会跳转到奶牛快传的页面


下载文件



随后通过 「Install Plugin」功能,选择刚下载的文件,即可完成安装
「PS:一定要注意,所有R语言插件运行的基础是,先安装过 Rserver 插件」

插件的使用,安装后,跟正常功能使用没区别....


PS:注意到,现在推荐插件作者将功能引用信息添加到配置文件,这样一方面方便用户引用,一方面也是对作者劳动的尊重(PS:使用R插件,不需要引用TBtools,直接参考作者提供的引用方式引用即可)

写在最后

归根结底,我们还是想着,怎么让所有人都有数据分析的能力?不至于总是依赖其他人,或者求着谁谁谁?

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