线粒体组装软件MitoZ安装及运行

线粒体组装软件MitoZ安装
报错：sqlite3.IntegrityError: UNIQUE constraint failed: synonym.spname, synonym.taxid
can not find taxid for ['Arthropoda'], maybe it's a misspelling.
解决方法如下

下载MitoZ

git clone https://github.com/linzhi2013/MitoZ.git
cd MitoZ/version_2.4-alpha/
conda env create -n  mitozEnv -f mitozEnv.yaml
tar -jxvf release_MitoZ_v2.4-alpha.tar.bz2

修改环境变量
MitoZ运行需要ete3数据库，ete3数据库没有安装好是报错的原因。

python3
#进入python交互界面
>>> from ete3 import NCBITaxa
>>> ncbi = NCBITaxa()

报错

报错

github上给出的解决方案
到百度网盘上手动下载相应的数据库
链接:https://pan.baidu.com/s/1Sa8icV5TVNhfKR4PHWmgow 密码:asuk

下载该文件database.etetoolkit.tar
将该文件上传到家目录下

cd ~
tar -xjf database.etetoolkit.tar.bz2

家目录下会产生该文件 .etetoolkit

.etetoolkit

再次进行检查

python3
#进入python交互界面
>>> from ete3 import NCBITaxa
>>> a = NCBITaxa()
>>> a.get_name_translator(["Arthropoda"])
{'Arthropoda': [6656]}
#出现此信息说明安装成功

运行MitoZ的测试数据

nohup python3 MitoZ.py all --genetic_code 5 --clade Arthropoda --outprefix ZZZ \
--thread_number 12 \
--fastq1 MitoZ/test/test.1.fq.gz \
--fastq2 MitoZ/test/test.2.fq.gz \
--fastq_read_length 150 \
--insert_size 250  \
--run_mode 2 \
--filter_taxa_method 1 \
--requiring_taxa 'Arthropoda' &

产生ZZZ.result和ZZZ.tmp文件夹
更多用法参见https://github.com/linzhi2013/MitoZ