samtools老司机的翻车之旅

这两天在处理一批miRNA-seq数据，公司返回了原始数据和他们处理过的干净数据。通常而言，我都是直接无视他们的干净数据，一般要自己走一遍QC。只不过这次miRNA-seq，我决定用一下他们的处理结果，结果你猜怎么着，我居然就进坑了。

首先，给大家看看这个平淡无奇的干净数据里的内容

数据内容

公司一波操作之后，把原本的FASTQ文件转成了FASTA文件。接下来我就需要进行比对，用的bowtie, 只不过额外用了-f参数表示输入是FASTA，然后让他输出成SAM文件，之后直接跟着一个samtools sort进行排序

bowtie -f -S -p 80 ../ref/Athaliana  <(zcat test_clean.fa.gz) | samtools sort -@ 20 > test-1.bam&

每每写这种命令时，我就觉得非常的畅快。然而，但我准备用samtools view查看内容时，发现怎么什么结果都没有啊

空空如也

难道是不能直接排序吗？我的管道命令不听话了吗？ 于是我就就分成了两步，先输出SAM，然后转BAM

bowtie -f -S -p 80 ../ref/Athaliana <(zcat test_clean.fa.gz) > test.sam
samtools sort -@ 20 test.sam >  test.bam &

最后我用less test.sam发现结果有输出

有内容输出

然而BAM文件依旧是什么都没有。当然这个时候我这个时候我旁边的师弟提了一句，samtools view不就是只能用看BAM的吗？当然不是了，samtools view是能看SAM的，不行，你看，于是我就敲出下面的代码

还是没有

额~_{，怎么还是啥都没有，气氛有些尴尬。突然间，我看着上面的SAM输出似乎明白了些什么，我想到了SAM文件定义，以`@`开头都是HEADER，所以我被FASTA文件中`@`字符给坑了}

因此，我最后用sed进行了把@给删了，问题终于解决了。

zcat test_clean.fa.gz | sed 's/>@/>/'  > test_clean.fa
bowtie -f -S -p 80 ../ref/Athaliana  test_clean.fa | samtools sort -@ 20 > test-1.bam&

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