limma包中的数据对象（data objects）

limma包主要生成和使用6种数据对象（data objects)

EListRaw
全称Raw Expression list. 储存normalization前的single-channel raw intensities. Intensities没有进行log转换。1个探针1行，1个array1列。
例：函数read.ilmn() 可以生成EListRaw

EList
全称Expression list. 进行过背景校正（background correct）和归一化的log-intensities.
例：EListRaw输入至normalizeBetweenArrays() 或neqc()会输出EList。

RGList
全称Red-Green list. A class used to store raw two-color intensities as they are read in from an image analysis output file,
例：read.maimages()函数输出RGList

MAList
全称Two-color intensities converted to M-values and A-values,“ i.e., to within-spot and wholespot contrasts on the log-scale. ”（这句不太明白，spot怎么理解）
例：RGList输入至MA.RG() 或normalizeWithinArrays()函数输出MAList。
该对象每1个spot 1行，可能有多个spot因此每1个探针有多个行对应

MArrayLM
全称MicroArray Linear Model.
Store the result of fitting gene-wise linear models to the normalized intensities or log-ratios（log-ratios是怎么得到的）.
例：由lmFit()函数输出. 每1个探针1行

TestResults
Store the results of testing a set of contrasts equal to zero for each probe. （contrast怎么理解）
例：由decideTests()函数输出. 每1个探针1行

操作以上六种数据对象同操作R中的list对象一样
例：MAListcoef可以提取该对象的系数。也可以通过操作矩阵的方式操纵上述对象。如summary, dim, length, ncol, nrow, dimnames, rownames, colnames。也可以用cbind, rbind, merge合并多个数据对象，例如cbind(RG1, RG2)。