TiED:人类组织特异性增强子数据库

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TiED是一个人类增强子数据库,对10种不同组织中的增强子表进行定量和分析,鉴定了增强子的组织特异性,网址如下

http://lcbb.swjtu.edu.cn/TiED/

首先综合H3K27ac, H3K4me1, H3K4me3和DHS的结果来识别增强子区域,从Roadmap和ENCODE下载chip_seq数据进行分析,将在DHS, H3K27ac, H3K4me1 peak 2kb范围内,含有较高H3K4me1修饰水平,较低H3K4me3水平的基因组区域作为候选的增强子区域,然后过滤掉与蛋白编码基因TSS位点上游1kb存在overlap的增强子,得到最终的增强子区域。

对于增强子区域,提供了以下几种注释信息

  1. SNP位点注释
    提供了增强子区域内存在的SNP位点的注释

  2. 转录因子注释
    对潜在的调控增强子的转录因子进行注释

  3. 靶基因注释
    将增强子上下游100kb范围内的蛋白基因定义为该增强子可能的靶基因

  4. 靶基因组织特异性注释
    根据GTEx项目提供的基因表达量信息,分析增强子的靶基因在下图所示的10种组织中的表达情况,并计算组织特异性


根据靶基因的组织特异性,将增强子划分为以下3类

  1. specific enhancer

  2. ubiquitous enhancer

  3. other enhancer


其中specific ehhancer简写为TS enhancer, ubiquitous enhancer简写为UE enhancer。

其次结合CAGE测序的结果来识别增强子对应的RNA,即eRNA. 如果CAGE测序的peak位于增强子区域,说明该增强子转录产生了eRNA。

通过首页的检索框,可以根据组织,转录因子,基因名称或者基因组位置对数据库进行检索。以Heart组织为例,结果示意如下

增强子编号以enh前缀加数字编号开头,提供了基因组区域,eRNA注释,组织特异性注释等信息。点击增强子编号,可以查看以下几种详细信息

1. 转录因子

2. SNP

3. Tatget Gene

通过Browser菜单,可以查看某个组织内的TF-enhancer-gene调控网络,示意如下

该数据库中的信息是免费下载的,通过该数据库,除了增强子基因组区域的基本注释外,还可以得到转录因子和增强子的调控关系,以及增强子和基因的调控关系。

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