miniconda

1.下载

进入清华大学开源软件镜像站，点击获取下载链接，在应用软件种选择最新版本的Miniconda3，点击下载。

miniconda安装.gif

2.安装与配置

安装minicongda并添加相关源。

cd miniconda3 下载目录
mkdir -p ~/tools/
bash Miniconda3-py37_4.9.2-Linux-x86_64.sh
# 随后进入安装界面，安装过程中有关选项全选 yes
#       添加 bioconda 、R 以及相关源
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda

3.环境与软件(后续补充)

cd ~
ln -s ~/tools/miniconda3/bin/activate ./conda_ac
. ./conda_ac
mkdir -p ~/tools/NGStools/
# depend python 2
conda creat -n py3 python=3.8
conda activate py3
conda install -y sra-tools fastqc multiqc fastp samtools bedtools deeptools trinity hisat2 stringtie subread star rsem star-fusion bwa snpEFF vcftools bcftools macs meme homer rseqc jellyfish 
cd ~/tools/NGStools/ 
which 程序名                                   #1.查找程序路径     
ln -s  which返回的结果 ./        #2.建立软连接      #重复以上两步
conda deactivate
# depend python 2
conda creat -n py2 python=2.7
conda activate py2
conda install -y tophat cufflinks rmats rmats2sashimiplot eggnog-mapper qualimap
cd ~/tools/NGStools/ 
which 程序名                                   #1.查找程序路径     
ln -s  which返回的结果 ./        #2.建立软连接      #重复以上两步
conda deactivate
# eggnog database download
nohup wget http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog.db.gz &
nohup wget http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog_proteins.dmnd.gz &

# Manual install
## GATK4
cd ~/tools/
wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.2.0.0/gatk-4.2.0.0.zip
unzip gatk-4.2.0.0.zip
cd ~/tools/NGStools/ 
which 程序名                                   #1.查找程序路径     
ln -s  which返回的结果 ./        #2.建立软连接
## VEP