第二天

今天我肯定会学其他的，但是在这之前，我先说一下TCGA数据库data下载的问题。
关于下载的方法，我稍微了解了一下，有很多种，但是我还是觉得以下的方法最简单。就是在UCSC Xena上下载。

image.png

首先就是这个界面，进入datasets

image.png

可以看到都分类好了，需要什么点进去下载即可
比如：

image.png

image.png

找到download，然后把地址wget一下就行了
最后说一下批量下载的问题
比如我想下载各种癌症的RNAseqcounts的数据
首先可以看一下下载的链接有什么规律

image.png

就先看这4个不同癌症的RNAseq的counts下载的链接
除了对应的癌症名称不同外，其他的都一样
所以可以写一个shell脚本批量下载
先建一个名称几个的文件

image.png

然后写一个shell脚本

#!/bin/bash
for i in $(cat temp.txt)
do
echo $i
wget https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-{$i}/Xena_Matrices/TCGA-{$i}.htseq_counts.tsv.gz
done

终端运行一下就行了
其他的以此类推

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最后还想说一下，本来不想用shell脚本的，因为确实不是特别擅长，但我python用的比较熟练，可是python脚本里面用一些shell的命令要调用subprocess的包，比较麻烦，所以shell还是也学学吧。