circos 配置文件解析

Circos 的核心就是配置文件的编写，在配置文件中，包含两个方面的内容：

1. 数据

2. 参数

作为一款可视化工具，毫无疑问肯定是需要建立在数据的基础上的。有了数据之后，如何展示，会有许多的参数需要设置和调整，这些参数就是我们需要理解和掌握的东西。

首先看一下配置文件的一个基本示例：

这个配置文件是我从官方提供的tutorials包中找的一个示例。对于circos的配置文件，需要理解以下3点：

1. #开头的行代表注释

2. 参数通过key = value的形式进行设置

3. 通过include可以引入其他的配置文件

由于circos 中包含的参数非常多，如果全部写在一个配置文件中，会显得非常的臃肿，而且不利于管理和调试。为了解决这样的问题，circos 通过include 将其他文件中的配置导入到当前配置文件中，这里include的作用和C语言中的incldue 语法一样，都是一个字符串替换的作用。

比如上面例子中的<>，ideogram.conf的内容如下：

在执行的过程中，<>这句话会直接替换成ideogram.conf文件中的内容。通过这种include的方法，可以将一个复杂的conf 文件，按照模块拆分成多个，方便管理和维护。

有一点需要注意的是，circos查找配置文件的路径有两种：

基于当前目录的查找

通常情况下，软件会自动在当前目录查找名为circos.conf的配置文件，如果找不到，就会到当前目录的上级目录去找。

在软件安装目录代表查找

circos的安装目录如下：

其中的etc目录下存储的是软件的默认配置文件，示例文件中的<>就是导入目录下的配置。在etc目录下的配置是软件内置的，包括了字体，颜色，图片等内容的设置，在没有充分理解参数作用的前提下，不建议改动里面的内容。

以下3个系统的配置是必须导入的

一般写在配置文件的最后即可。

如果众多的参数，circos根据功能的不同划分成了不同的block。不同模块直接构成了如下的树状结构

可以看出有些模块之间存在嵌套关系，是一个父节点和子结点的关系。在右侧的4个block ,是系统内置的，左侧的block 是入门阶段需要去掌握的。

对于block, 采用html类似的闭合标签的写法，比如上文中ideogram.conf的例子。

了解了配置文件的整体结构，接下来就是各个击破，详细了解每个block各项参数的含义和用法即可。