10X空间转录组做细胞通讯的打开方式

10X空间转录组这项技术出现的时间也有了1年多之久，很多分析的思路也已经有了比较深的认识，但是对于细胞通讯而言，无论是发表的文章，还是个人分析，都还是需要很多的探索，今天我们就来分享一下关于10X空间转录组做细胞通讯的个性化思路

10X单细胞数据做细胞通讯分析

让我们来回顾一下单细胞数据是如何分析细胞通讯的，当然，能够分析单细胞数据细胞通讯的软件也越来越多了，我们简单回顾一下。

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这是我个人的一个总结，当然，还有一些其他的分析软件，比如celltalker等，但是不知道大家发现了没有，软件的思路是一样的，就是根据不同细胞群基因表达的特征，分析细胞类型之间特异的配受体对，以此来代表细胞类型之间的通讯，区别只在于算法和对结果的解读（或者叫分类）。当然，这样的思路在很多文献里都已经有了很好的运用，首先我们要考虑的就是这样的思路能否运用到10X空间转录组。如果要深入知道这些，必须先知道10X空间转录组与单细胞的一个区别，简单做个整理。

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在这个基础上，我们来探讨空间转录组做细胞通讯的思路。

思路1、单细胞做细胞通讯的思路直接运用到空间转录组。

这个方法单细胞运用最多，最懒的办法就是直接嫁接到10X空间转录组，但是我们这里要注意，单细胞的细胞通讯是代表了不同细胞类型之间的交流（当然是一种推断，不能完全代表事实），而我们空间的聚类，得到的分群是不同的功能区域，以这个理解而言，那就是说，我们这么做的意义在于了解不同功能区域之间的交流，比如皮层与海马区的交流（其实也可以人为按照形态学进行区域划分做通讯分析），这个思路当然不错，但是具有笼统性，不太适合直接运用到空间转录组。

思路2、以spot为基点，分析spot vs spot or spot within spot的通讯

这里的思路指的就是以spot为单位分析细胞通讯，从这个思路出发，分析得到就是细胞通讯交流的区域性，如下图

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从这个角度而言，做细胞通讯的精度最高，不仅在spot水平上进行通讯的分析，了解到细胞通讯的区域性，精度高于单细胞（单细胞把一种细胞类型看成一个整体做通讯，具有笼统性），如果有正常和疾病的样本，这样的分析思路可以分析得到细胞通讯的区域变化，举一个简单的例子，比如我关注免疫相关的通讯，我需要分析spot（也就是空间位置）正常和疾病的免疫通讯的区域变化，如果是肿瘤样本，可能更加明显，（免疫的相同通讯可能远离或者接近肿瘤区域，从而提供很好的临床借鉴）。这种方法，目前而言，很适合空间转录组，既发挥了细胞通讯的作用，又利用了10X空间转录组带给我们的空间位置信息，再结合形态学的特征，对细胞通讯的分析堪称完美。

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思路3、sp with sc 单细胞的差异配受体结合空间分析

单细胞分析得到的差异配受体去空间验证，这个方法很多文献里有这么做，有其优势，两种细胞类型之间的差异配受体对在空间上的分析，可以相互验证，但是缺点很明显，只是把空间作为一个补充，完全忽视了空间位置带给我们的信息，而且会遗漏一些信息，比如肿瘤相关的通讯分析，空间上可以根据形态学对肿瘤和正常区域进行划分，从而在spot水平上分析通讯，比如肿瘤区域内的交流是怎样的，肿瘤和正常区域的交流又是怎样的，而单细胞对肿瘤细胞只是算法推断，完全没有空间形态学来的真实，包括下面提到的空间临近分析，没有空间转录组，完全做不到的。

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不知道大家对空间通讯的思路有没有一个清楚的认识，还是那句话，请保持愤怒，让王多鱼倾家荡产。