学习小组Day3-linux软件安装--shujun

先上思维导图

学习小组Day3--linux软件安装.png

一、认识conda (生信界的App Store )

three types
-conda：大Boss，最初为管理python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。
-anaconda：总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙
-miniconda：区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域（我们选择这个！）

二、下载、安装、激活miniconda

1. linux中下载miniconda

-百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（之前一直用阿里云的，这次用清华的，感觉好快呀！）
-uname -a：查看服务器是多少位的
-命令 wegt 最近版本链接

miniconda下载.png

2. 安装miniconda

-命令 bash 安装包name

-根据提示一直按enter或yes(当然如果你能handle后果的话也可以按no....)

安装1.png

安装2.png

安装3.png

3. 激活miniconda（直接上命令）

-source ~/.bashrc
-conda （如果出现满屏信息说明安装成功）

激活成功.png

三、使用conda（以下载fastqc为例）

conda list # 查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda search fastqc # 搜索数据质控软件fastqc
我最后结果显示搜索不到，如下图

搜索不到fastqc.png

引用小泽老师建议后成功

可能是镜像设置错了，需要删除原来的镜像 rm ~/.condarc
如果没有设置镜像，可以add channels

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

conda install fastqc -y # 安装数据质控软件fastqc
conda remove fastqc -y # 卸载数据质控软件fastqc

四、配置新的conda环境（以rna-seq为例）

conda info --envs (前面带*的就是默认的)

image.png

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y # 建立rnaseq环境

创建rna-seq环境.png

注意我之前是在~ /miniconda3/envs下创建显示错误，后面回到~/miniconda3再创建就OK了。
conda activate rna-seq # 激活新的conda环境（默认*就会转移到rna-seq前）

激活新的rnaseq环境.png

fastqc # 出现大片信息说明成功

已经可以使用啦.png

此时查看你的~/miniconda3/envs，可以发现里面出现rna-seq文件夹

final.png

conda deactivate # 退出当前环境

五、补充：终端(terminal)、控制台（console）、shell、bash之间的区别与联系

1. termimal：提供一个命令的输入输出环境
2. console
   -计算机发展的早期，外表上通常会存在一个面板，包含很多按钮（对计算机进行底层的管理）和指示灯（得知计算机的运行状态）；
   -现代计算机：在系统启动完成之前terminal不能连接到主机上，记录主机的重要日志（如开关机、重要应用程序的日志）信息就是显示在console上；
   --两者联系：台电脑有且只有一个console，但可以有多个terminal。举个例子，电视机上的某个区域一般都会有一些按钮比如开机调音量等（console），且只有，遥控器（terminal）可以有多个。
3. shell：
   -命令行解释器，是linux内核的一个外壳，负责外界与linux内核的交互；
   -打开一个terminal时，操作系统会将terminal和shell关联起来，当我们在terminal中输入命令后，shell就负责解释命令
4. bash
   -linux系统上可以包含多种不同的shell(可以使用命令 cat /etc/shells 查看)，比较常见的有Bourne shell (sh)、C shell (csh) ；
   -bash的全称叫做Bourne Again shell，从名字上可以看出bash是Bourne shell的扩展；
   -bash是shell的一种，是增强的shell;
   -当前sh命令已经被bash命令取代，使用bash编译sh文件，方式和sh编译文件一样，只不过使用的是文件中/bin/bash 来执行sh文件-