R语言【taxlist】——taxon_relations()，update_concept()：获取或移除 taxlist 对象的 taxonRelations

Package taxlist version 0.2.4

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Description

从taxlist对象中检索槽taxonRelations的内容，或者用新的数据帧替换它。

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Usage

taxon_relations(taxlist, ...)

## S3 method for class 'taxlist'
taxon_relations(taxlist, ...)

taxon_relations(taxlist, ...) <- value

## S3 replacement method for class 'taxlist'
taxon_relations(taxlist, ...) <- value

## S4 method for signature 'taxlist,numeric'
update_concept(taxlist, ConceptID, ...)

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Arguments

参数【taxlist】：一个 taxlist 对象。

参数【...】：方法之间传递的进一步参数。

参数【value】：要设置为槽taxonRelations的data.frame对象。

参数【ConceptID】：要更新的概念id。

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Details

替换方法 taxon_relations<- 应该只在从空的taxlist对象(prototype)构造taxlist对象时使用。

首先应该使用各自可接受的名称将新概念添加到taxlist对象中。可以使用add_synonym()函数进一步提供同义词。

在这些变量已经存在的情况下，可以提供额外的命名向量以包含在插槽taxonNames中，否则它们将被忽略。

还建议提供一个概念视图作为viewid(参见taxon_views())。要添加新视图，请使用add_view()。

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Value

类taxlist的对象，添加了名称和概念。

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Example

Euclea <- subset(x = Easplist, subset = charmatch("Euclea", TaxonName),
  slot = "names", keep_children = TRUE)
Euclea

object size: 7 Kb 
validation of 'taxlist' object: TRUE 

number of taxon usage names: 3 
number of taxon concepts: 2 
trait entries: 0 
number of trait variables: 1 
taxon views: 3 

concepts with parents: 1 
concepts with children: 1 

hierarchical levels: form < variety < subspecies < species < complex < genus < family 
number of concepts in level form: 0
number of concepts in level variety: 0
number of concepts in level subspecies: 0
number of concepts in level species: 1
number of concepts in level complex: 0
number of concepts in level genus: 1
number of concepts in level family: 0

taxon_relations(Euclea)

     TaxonConceptID AcceptedName Basionym Parent   Level ViewID
267             269          269       NA  55707 species      1
3537          55707        55709       NA     NA   genus     NA