在植物中，约90％的小RNA是siRNA 它们来源于双链前体。 根据长度分为21-nt，22-nt和24-nt。 属于21-nt和22-nt类的siRNA主要来源于病毒RNA，转座子和转基因，并与AGO1结合以指导PTGS。 相反，24-nt siRNA主要与异色转座因子（TEs）相关，并通过RNA介导的DNA甲基化（RdDM）在TGS中起作用
Biogenesis of siRNAs
21-nt和22-nt siRNA从病毒，转座子，转基因转录而来，还有一些通过Pol II从DNA断裂区域转录（图3）。这些异常的RNA通常缺少5'帽或3'聚腺苷酸化尾巴，使其成为RNA依赖的RNA聚合酶6（RDR6）的合适底物，从而将它们转化为dsRNA 。 DCL4和DCL2分别将这些dsRNA切成21-nt和22-nt siRNA，通常将其掺入AGO1中以指导PTGS靶向切割的原始异常转录物。尽管DCL2和DCL4都可以处理RDR6依赖的dsRNA，但DCL4作用更强，导致21-nt siRNA的丰度很高，22-nt siRNA的含量低。但是，与DCL2处理过的22-nt siRNA相比，DCL4处理过的21-nt siRNA在招募RDR6触发次级siRNA方面效率较低。还发现DCL4缺失或过表达DCL2导致22-nt siRNA的水平高于野生型，并增强了AGO1介导的PTGS对转基因的活性；同样，DCL2突变抑制拟南芥中siRNA和次级siRNA的积累。最新证据进一步表明，拟南芥DCL2而非DCL4对于通过生成22nt siRNA并募集RDR6产生次级siRNA，传递PTGS信号。
属于24-nt类的siRNA主要来自转座子和重复元件（图3）。它们通过需要Pol IV通过RdDM途径在DNA甲基化和染色质修饰中起重要作用。 植物特异性RNA聚合酶Pol IV在RdDM位点的26–45 nt单链上转录siRNA前体，从而启动了24 nt siRNA的生物发生。RDR2将前体序列复制成dsRNA，随后被DCL3加工以产生24-nt siRNA双链体。 HEN1使这些siRNA双链体甲基化，24-nt siRNA双链体在细胞核中被加工，然后被转移到细胞质中并整合到AGO4中。 去除siRNA *链后，将siRNA-AGO4复合物输入回细胞核以介导TGS。
除了这些依赖DCL的siRNA，在拟南芥中也发现了不依赖DCL的siRNA。 研究表明，一些siRNA与AGO4相关联，并被3'至5'核酸外切酶修饰为一组具有相同5'端但3'端不同的异源siRNA。
Mode of action of siRNAs
siRNA通过PTGS和TGS抑制其靶标的表达。 将Pol II和RDR6依赖性的21-nt和22-nt siRNA被优先整合到AGO1中，以指导其靶标的转录切割。通过从靶标转录物中扩增依赖RDR6的次级siRNA，沉默信号在植物中的系统传播，暗示了植物防御的机制。除了PTGS外，一些依赖于Pol II和RDR6的siRNA，通常是那些来自转座子的siRNA，也可以通过与AGO2或AGO6结合，通过非经典的RdDM途径介导靶位点的从头DNA甲基化 。此外，当依赖于Pol II和RDR6的dsRNA的丰度超过DCL2和DCL4的加工能力时，dsRNAs成为DCL3的可利用底物并产生24 nt siRNA，然后通过经典的RdDM触发转座子沉默通路。
Pol IV和RDR2依赖的24 nt siRNA在很大程度上指导经典的RdDM。形成siRNA-AGO4复合物后，植物特异性RNA聚合酶Pol V会在Pol IV转录位点附近产生长度约为50 nt的非编码转录物，并且通过序列互补性招募siRNA-AGO4复合物。这进一步募集了DNA甲基化转移酶2（DRM2），以触发CG，CHG和CHH序列的从头DNA甲基化（H代表C，T或A）。 CHH甲基化的维持需要24-nt siRNA和RdDM，而DNA甲基转移酶1（MET1）和染色体甲基化酶3（CMT3）分别以不依赖siRNA的方式维持CG和CHG甲基化。此外，24-nt siRNA定向的DNA甲基化主要发生在常染色质臂上，因为RdDM必需的一种必需蛋白质，染色质重塑蛋白（DRD1）的缺陷，在异色区上没有功能性作用。 CMT2以不依赖siRNA的方式介导着丝粒附近的异色区域的DNA甲基化。尽管如此，CMT2基因座也产生了依赖于Pol IV和RDR2的24-nt siRNA，尽管其功能尚不清楚。
在大多数情况下，RdDM靶向基因间区域和转座子。但是，还提出了依赖于24 nt siRNA的RdDM来调节某些蛋白质编码基因。据报道，核糖核酸酶III（RNase III）酶RNASE THREE-LIKE 2（RTL2）将dsRNA加工成> 24-nt siRNA双链体，然后被DCL3进一步加工成24-nt 。在功能丧失的rtl2突变体中，某些蛋白质编码基因与野生型相比显示出降低的表达水平，并且植物显示出发育缺陷，该缺陷可通过突变NRPD1来恢复，而NRPD1编码Pol IV的最大亚基。
Biological functions of 24-nt transposable element (TE)-derived siRNAs
24nt TE衍生的siRNA的主要作用之一是指导繁殖过程中DNA甲基化的重新启动。在雌配子体中，中心细胞经历表观遗传的CHH甲基化消耗和TEs的活化，从而导致24 nt siRNAs进入卵细胞后增强其中的DNA甲基化。在发育中的花粉中，小孢子中的CHH甲基化大量丢失，随后在营养细胞中恢复，因为各种TE在营养性核中进行了过渡性重新激活，并产生了依赖DRM2的24-nt siRNA CHH甲基化。这些发现突出了hc-siRNA（异质小干扰RNA）在植物繁殖中的重要功能。