MIMIC-IV官方视图解析 - cardiac_marker心脏标记表

今天在学习官方衍生表mimiciv_derived.cardiac_marker心脏标记表时候发现了一些问题：

该表中troponin_t （肌钙蛋白t）的值结果都是空值null 或者  ___ （由于去标识化）， 这明显是不合理的

小编查看了该表的官方生成sql。

几乎每个值都是 ___ （由于去标识化），因此派生表具有所有空值。然而 valuenum 列具有实际数据，因此我们应该更改代码以使用 valuenum

我来看下更改后的结果：

-- begin query that extracts the data
SELECT
    MAX(subject_id) AS subject_id
    , MAX(hadm_id) AS hadm_id
    , MAX(charttime) AS charttime
    , le.specimen_id
    -- convert from itemid into a meaningful column
    -- 从 itemid 转换为有意义的列
    , MAX(CASE WHEN itemid = 51003 THEN valuenum ELSE NULL END) AS troponin_t -- 肌钙蛋白t
    , MAX(CASE WHEN itemid = 50911 THEN valuenum ELSE NULL END) AS ck_mb  -- 肌酸激酶同工酶,是CK中的一部分
    , MAX(CASE WHEN itemid = 50963 THEN valuenum ELSE NULL END) AS ntprobnp 
    -- 氨基末端脑利钠肽前体,实际是BNP前体降解后的化学结构之一,可以理解为BNP的代谢产物，该项检查主要用于心脑血管疾病中,用于评估病情
INTO work.cardiac_marker_fixed
FROM mimiciv_hosp.labevents le
WHERE le.itemid IN
    (
        -- 51002, -- Troponin I (troponin-I is not measured in MIMIC-IV)
        -- 52598, -- Troponin I, point of care, rare/poor quality
        51003 -- Troponin T
        , 50911  -- Creatinine Kinase, MB isoenzyme
        , 50963 -- N-terminal (NT)-pro hormone BNP (NT-proBNP) 
    )
    AND valuenum IS NOT NULL
GROUP BY le.specimen_id
;

关于官方衍生表的生成可以看之前的文章

手把手教会你认识跟安装MIMIC-IV物化视图

MIMIC-IV数据库衍生表格mimic_derived配置和使用