ggsignif箱线图添加显著性差异标识

统计方法与参数
一般根据数据是否符合正态分布，选择合适的统计方法

统计方法 适用情况
t.test() 比较两组(参数) 数据符合正态分布
wilcox.test() 比较两组(非参数)
aov()或anova() 比较多组(参数)
kruskal.test() 比较多组(非参数)

参数
ggsigni包主要函数为：geom_signif()和stat_signif() ,常用geom_signif()
参数 说明示范
comparisons list,设置需要比较的组，比如list(c("a","b"),c("a","c"))
test 统计方法，比如t.test()
test.args test传入的参数
map_signif_level 布尔值，p值直接当作注释或者以星号替代，比如c(" " = 0.001,""=0.01,'''=0.05)
annotations 带有可选注释的字符向量，如果没有则被忽略
step_increase 不同组差异标注的间隔

示例

library(ggplot2)
library(ggsignif)

dat <- data.frame(Group =c("S1","S1","S2","S2"),
                  Sub = c("A","B","A","B"),
                  Value = c(3,5,7,8))

ggplot(dat,aes(Group,Value)) + geom_bar(aes(fill = Sub),stat = "identity",position = "dodge",width = .5) +
  geom_signif(y_position = c(5.3,8.3),xmin = c(0.8,1.8),xmax = c(1.2,2.2),
              annotations = c("**","NS"),tip_length = 0)+
  geom_signif(comparisons = list(c("S1","S2")),y_position = 9.3,tip_length = 0,vjust = 0.2)+
  scale_fill_manual(values = c("grey80","grey20"))

image.png

参考

https://www.jianshu.com/p/07e1bee02ee8
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI3Mzc1MzczMA==&mid=2247484318&idx=1&sn=aeeb47d5f0cc6ce0971032f4709393ef&chksm=eb1f3073dc68b9651aa3fe1fed06db66ade6231c5f9790868ffcf680e76f67e329e04f823da3&scene=21