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快准狠！在3D Slicer中，使用TotalSegmentator扩展可在1分钟内自动分割全身117个器官

快准狠！在3D Slicer中，使用TotalSegmentator扩展可在1分钟内自动分割全身117个器官_第1张图片
本系列涵盖从 3D Slicer 医学图像查看器的基础使用到高级自动分割扩展程序的内容（从入门到高阶！），具体包括软件安装、基础使用教程，自动分割扩展（totalsegmentator, monai label）快速标注数据。

Tina姐：强烈建议做图像分割的宝宝们好好学习，跟着Tina姐涨姿势！本教程耗时一周完成，特别感谢我的老板给予技术支持。如果对你有帮助，转发支持一下

这是该系列的第二篇，在这篇博文中，我们将从3D Slicer下载一些示例数据，并使用自动分割扩展从图像中分割目标。将重点介绍TotalSegmentator扩展

在后续文章中，我们将把自己的数据导入 3D Slicer 并使用另一个名为 MONAILabel 的自动扩展。使用该扩展，我们将分割更多结构。然后，我们将使用 MONAILabel 在我们自己的数据集上训练我们自己的模型。

第一篇文章可以在这里找到
3D Slicer-最强大的开源医学图像分割工具简要概述

硬件条件

CUDA

如果您没有受支持的 GPU，您将仅使用 CPU 进行分割。CPU 足以进行基本的可视化和分割，并且我在我的 CPU 上运行了本文中的每个模型，没有出现任何问题。

但是，对于更复杂的操作，建议使用 GPU。

安装相关扩展程序

3D Slicer提供的扩展程序很多，有时间的朋友可以安装玩玩
快准狠！在3D Slicer中，使用TotalSegmentator扩展可在1分钟内自动分割全身117个器官_第2张图片

打开3D Slicer, 点击 View->Extensions Manager(快捷键 ctrl+4/command+4),按需要安装以下扩展

  • TotalSegmentator:自动分割全身CT100多个器官组织
  • AirwaySegmentation:自动分割气道（气管，支气管）
  • HDBrainExtraction:自动剥头颅骨

踩坑经验：下载扩展时提

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