SingleR细胞类型鉴定

SingleR计算每个细胞表达谱与每个参考样品的表达谱之间的Spearman相关性，相关分析仅对参考数据集中的变异基因(variable genes)进行。使用相关分布的固定分位数定义参考标签的得分，将得分最高的标签作为cluster的注释。

SingleR能够与seurat完美契合，载入包，载入SingleR参考数据HumanPrimaryCellAtlasData()。参考数据集的详细信息可以在其帮助页上查询，或者在SingleR网站查询。http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/SingleR/inst/doc/SingleR.html

library(SingleR)
ref.se = HumanPrimaryCellAtlasData() 
class(PBMC)[[1]]
[1] "Seurat"

SingleR参考数据

鉴定各聚类的细胞类型，可选择method 参数为“single”，返回每个细胞的鉴定结果。clusters参数指定的各聚类的名称。

#SingleR预测聚类细胞类型
pred = SingleR(test = PBMC@assays$RNA@data, ref = ref.se,
  labels = ref.se$label.fine, method =  "cluster", 
  clusters = [email protected], fine.tune = TRUE, 
  BPPARAM = MulticoreParam(40))
#鉴定结果
pred$pruned.labels
 [1] "T_cell:CD8+_Central_memory"          "B_cell:Memory"                       "NK_cell"                            
 [4] "NK_cell"                             "B_cell:Memory"                       "B_cell:Plasma_cell"                 
 [7] "T_cell:CD4+_effector_memory"         "T_cell:gamma-delta"                  "B_cell:Plasma_cell"                 
[10] "NK_cell"                             "DC:monocyte-derived:antiCD40/VAF347" "B_cell:Germinal_center"             
[13] "NK_cell" 

热图展示的是不同聚类在细胞标签的得分，得分越高则该聚类为对应细胞标签的可能性越高。

plotScoreHeatmap(pred, clusters=pred@rownames, fontsize.row = 9,show_colnames = T)

SingleR热图