拟南芥突变体信息查询

这次的台风确实冲击了临海古城

拟南芥T-DNA插入突变体拿到之后，我们需要先确定其插入位点相关信息。插入locus有时候未必是单一的，可能会插入一个基因的多个位置或者是插入多个基因，导致多基因突变。如果一开始没有明确其插入的确切位置，那么势必会导致后续实验出现问题，难以把握你所得到的表型时候是因为目的基因的突变导致的还是其他基因突变导致的。那么问题就来了，如何确定突变体插入位点信息？下面就从TAIR（拟南芥种质资源库）网站介绍开始，说明一下突变体信息的确定方法。

1 TAIR网站

网址：https://www.arabidopsis.org/。网站首页会有一些TAIR的介绍，封面图片是经常会变化，这一次的还是相当得漂亮的。最上面是导航栏，有各种工具让你使用。可以去看看，了解一下都有哪些功能。今天使用的是搜索框，最最顶端的搜索框，可以查找你需要的基因，以及salk号查询。

2 搜索seed stock

之前的名字就是seed stock，后面改成了germplasm(种质资源)。通过这个入口，可以搜索相关Salk号的信息，这里随便写了一个salk号搜索一下。

搜索相关信息

进一步查看详细信息

3 详细插入信息

这里可以看到该germplasm的T-DNA插入情况：单一插入还是多个位点插入；可能插入的位置（UTR, EXON OR INTRON）；具体插入的染色体位置；此外还有一个查看全基因组序列的连接，可以进一步看到序列情况。

插入位点信息

当我们查看全基因组序列时，我们没有看到我们自己的salk号的标示，这个有点奇怪。我用蓝色箭头标示出了网站提供的插入位点信息，很大可能在这个3'UTR的位置。

具体的序列信息

4 使用三引物法进行验证

根据salk号进行鉴定引物的设计，网站:T-DNA Primer Design，根据网站的说明，可以进行纯合株系及插入位点鉴定。

引物设计网站鉴定说明

• 提交以后，会得到以下的信息，其中有pcr产物的长度，LP/RP两个引物的序列，TM值， GC含量等信息。如果纯合或者杂合，BP+RP产物（小于LP和RP扩增出来的长度条带）大小在600-900之间。然后你再将产物测序，比对到野生型序列，就可以看到完全比对上的位置和没有比对上位置之间就是插入位置。

SALK_126458.33.60.x  PRODUCT_SIZE 1167  PAIR_ANY_COMPL 0.00  PAIR_3'_COMPL 0.00  DIFF_TM 0.02  LP GAGGTGACAATGTTCTCCTCG  Len 21  TM 59.71  GC 52.38  SELF_ANY_COMPL 0.02  3'_COMPL 0.00 RP GGTGAACGATCTTTGCAAGTC  Len 21  TM 59.73  GC 47.62  SELF_ANY_COMPL 0.02  3'_COMPL 0.00  Insertion chr2 19152702  BP+RP_PRODUCT_SIZE 600-900