2020-04-02

Three hypomethylated genes were associated with poor overall survival in pancreatic cancer patients     5.515

1.PC中DNA甲基化状态改变的DEGS的鉴定

GSE62452 dataset（LIMMA analysis）与ICGC datasets 进行比较，进一步确定差异基因（缩小差异基因范围），随后进行单因素COX回归分析，我们得到了3个预后相关基因SULT1E1、IG F2BP3和MAP4K4。将这3个差异基因在另外的数据库中进行验证。

2.PC预后风险评分模型的构建与评估

用LASSO回归方法建立评分模型，risk score=0.195 * expression of SULT1E1+ 0.129 * expression of IGF2BP3 + 0.65 * expression of MAP4K4。然会计算每一个病人的评分，将病人分为高风险组和低风险组，三个队列（发现和两个验证队列）的一致结果显然证明了风险评分与OS有关，做Kaplan-Meier curves研究病人的生存时间，评分高的病人的中位生存时间较低的病人的 生存时间断短1.5年。

3.分层分析

对于T3/T4晚期和转移性淋巴结(N)晚期患者，风险评分显示出更大的预后价值。

4.我们和其他模型的比较

结果表明，某模型在预测1年OS方面具有良好的预测价值，但其预测价值在预测3年和5年OS方面明显下降；某模型在预测3年和5年OS方面显示出更好的效率，但未能预测1年OS。

5.生物功能预测

做了通路富集分析，数据表明，受SULT1E1、IG F2BP3、MAP4K4及其共同表达基因影响的前三条信号通路是RhoGTP酶、染色体分离和局灶性粘附途径，以上三种信号通路均被报道参与肿瘤的进展，为进一步研究我们在PC中的三基因模型的详细分子机制提供了证据。

GSE62452 dataset：比较了69个胰腺肿瘤和邻近非肿瘤组织的基因表达谱，使用Affymetrix基因芯片人类基因1.0ST阵列来识别与MIF信号相关的微RNA靶点.. 利用Partek，进行了方差分析和Cox回归分析，以确定差异表达的基因，这些基因也与生存有关。