2020-02-21学习小组DAY3

Get专属AppStore

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。

Step1

bing搜索miniconda 清华get下载地址
bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
稍等片刻
2020-02-21 10:49:47 (3.87 MB/s) - ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’ saved [71785000/71785000]

Step2

安装
bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
在Windows系统里复制ctrl+c 黏贴ctrl+v 在linux里面复制按一下左键 黏贴按一下右键
Thank you for installing Miniconda3!

Step3

激活
bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc
加载下载镜像的地址

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --set show_channel_urls yes

恭喜你已get自己专属的appstore！

如何正确使用你的应用商店

conda list 显示你拥有的包包
conda search fastqc 在商店搜索应用程序
conda install fastqc -y 下载应用程序的最新版本-y
conda remove fastqy -y 卸载应用程序

初试环境

在完成不同的项目时可能需要某一个软件的多个版本，使用conda environment，安装不同版本的软件，互不干扰，好比分身。

conda info --envs查看当前环境

# conda environments:
#
base                  *  /home/bio13/miniconda3

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
建立一个名叫rna-seq的环境，指定python3版本，安装fastqc、trimmomatic两个软件。
conda activate rna-seq激活刚才新建的环境
然后可以输入fastqc测试一下