学习小组Day3笔记--森蝶

Linux环境下的软件安装

学习内容

Day3 linux环境下的软件安装.png

在服务器上下载miniconda

百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）

清华下载网站

查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a

查看服务器位数

安装最新版本（latest）

----复制下载链接【sh结尾的，sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本】
新建并进入biosoft目录（输入时可以试试自动补全功能，键盘上的Q前面那个Tab键，你在home目录下，打出cd b，按Tab就可以自动补齐。失败可以跳过...）
cd ~/biosoft

wget 刚才复制的下载链接

之后开始安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
【注意看下图的操作，程序让你enter就enter，让你yes就yes】

安装过程

当你看到一行Do you accept the license terms? [yes|no]说明安装要开始了
然后就开始了安装过程，中间会出现很多的版权信息，按回车跳过它们

按回车按回车就对了

安装成功的标志

安装成功

之后必须激活

source ~/.bashrc来激活conda

检验是否成功激活

命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了

如果报错，说明你可能没有进行上一步的source ~/.bashrc命令

激活与检验

添加镜像

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

开始使用conda

查看当前服务器上安装的所有软件列表

conda list

软件列表

安装软件

conda install fastqc -y
（-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes）
<默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y>
此处我尝试不加-y，会在中途出现以下询问情况

如果一开始不加-y

确认fastqc软件是否安装成功

输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功

安装成功

卸载软件

conda remove fastqc -y

卸载

查看当前conda有哪些环境

conda info --envs能看到目前就一个conda环境（base）

环境

新建环境

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

新建环境

创建完后，再次查看conda环境

conda info --envs
看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base

出现两个环境，*表示默认

激活新的conda环境

conda activate rna-seq
这时默认的*就会转移到rna-seq前面；
另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（这些只是帮助信息，并无实际对象，此操作仅用于确认激活成功）

激活与确认

退出当前环境

conda deactivate可以看到前面括号里的变回了base

退出当前环境

补充

软件安装

1.软件安装：conda install 软件名称(ex.cutadapt)
2.软件更新：conda update 软件名称（若不确定软件名称，可以先使用搜索： conda search fastqc）
3.安装特定版本软件：ex. conda install bwa=0.7.12
4.软件卸载：conda remove 软件名

conda卸载

1.rm -rf ~/miniconda3
2.环境变量中去掉conda，vi ~/bash_profile删除conda路径，退出保存
【小技巧：vim 中移动光标比如到第9行，使用dd就可以快速删除整行】
3.删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件

隐藏文件

结束

今日惨痛教训：一定要仔细，别再安装错了（是miniconda而不是anaconda）

哭哭