新欣enjoy
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文献阅读-circRNA综述

文章基本信息

2016年发表于Development杂志，题为Circular RNAs: analysis, expression and potential functions 。作者系斯坦福大学医学院生物化学学部。 https://dev.biologists.org/content/143/11/1838

摘要

过去几年，人们一直认为主要的RNA isoform 来自于真核生物基因信使RNA的可变剪切，充当基因表达调控的调节工具。然而在2012年初，一个新的研究表明，环形RNA是上千个人和老鼠基因的转录产物，而且存在上百种isoform。 后续的研究揭示环RNA表达与发育调控，组织和细胞特异性有关，并伴随真核生物一生。这些特征表明这些分子的重要功能。这里，我们介绍环RNA生物学的主要进展，集中在这些分子所扮演的调控功能。

circRNA 的反向剪切及isoform 多样性
其主要一个特征为反向剪切，而非经典剪切方式。生信检测方法基于此。

circRNA 的检测，反向剪切的来源
以下几种情况介绍的非circRNA形成的可能性，及假阳性circRNA的形成条件。

circRNA 过表达载体
其通常被用作研究circRNA功能及生物学特征的工具。

circRNA 的生信方法检测
通常来说，仅依靠Chimeric read 无法保证该序列为circRNA，而借助双端测序，辅助pair reads 能确定其来源。

circRNA 调控因子角色

发育相关的调控表达

circRNA 的功能分类

  • 海绵分子（sponge）

  • 与其他因子互作


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Computational Strategies for Exploring Circular RNAs：
https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0168952517302366

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按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他