fasterq-dump 人多力量大

fasterq-dump 人多力量大，核多干饭香

最近开始入门生信，第一次感觉到自己的头发可能要离自己远去了。

作为湿实验的大佬（自封），自然是没有什么服务器的，所以我开始了使用Windows10内置Linux子系统作为入门的第一步。

界面

作为小白用户，感觉还是很方便的（颜色真的不会改），主要是和windows本身文件互通，在/mnt下直接可以查看其它盘的文件

小姐姐的家

今天发现sra转fastq时候，使用fastq-dump的速度的速度极其感人

fastq-dump --gzip --split-e -O . SRR1039508

本身电脑配置其实还行，AMD的3600,外加32G内存，处理一个2G不到的sra文件竟然需要1个小时。
后面发现生信技能树的教程(强烈推荐报名上课呀！！！！不是托)中还有另外一个备注

#fasterq-dump --split-files SRR11180057.sra

以我多年考六级的经验来着，带er的东西肯定更强（狗头）
所以先简单百度了一下，发现这个fasterq-dump支持多线程，而fastq-dump是个单线程软件，所以小学思维，6个小学生肯定打得过一个小学生。
开始装 fasterq-dump

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
#有耐心的可以等，80m的大小，但是速度只有20k左右。迅雷还能快点
#常规安装
tar -xzf  sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
#直接解压后就可以添加环境变量了
echo "export PATH=/home/nanyisk/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin:\$PATH ">>~/.bashrc
source ~/.bashrc

搞定之后就可以用tap键补齐了

没得感情的图注

首先查看帮助文档

没得感情的图注2

常规的不说，首先是-e，可以设置线程数，再者竟然有进度条选项 -p，入门生信的三周中，无数次在运行之后陷入沉思，“我在干嘛？”，“开始了吗？”，“是不是死机了？”，有进度条真的太友好了。其它的选项看不懂，先放过去了。那就先上一个数据试试。

没得感情的图注2

这是几个意思？？？？学生信最怕否定句！！！
没办法，他说啥就干啥呗

vdb-config --interactive

运行之后我震惊了。。。。第一次见这种界面的东西。以我多年考六级的经验，默认是最保险的（default）。标红加下划线的那个字母应该就是那个选项的按键。

image.png

点击f（default）之后点击y（yes），再点o（OK）,感觉这里面好像挺多东西的， 但是都不懂，就放过去了。

image.png

再来一次

nanyisk@DESKTOP-Q7CG9MK:/mnt/w/20201209-rowdata$ fasterq-dump -e 100 -p -3 -O ferd/ SRR1039508     
#别问我为啥100个线程，能设置多线程的程序我都设置100个。                                                                                                                                                           

有进度条真的安心呀

image.png

这速度无敌了，我自己用手机记了一下时间，只需要4分26秒（time命令到底怎么用呀！！！）

image.png

生成了read1和2两个文件

总结一下，fasterq-dump速度可以完胜fastq-dump，值得注意的是，fasterq-dump没有压缩选项，而fastq-dump可以直接输出gz压缩fq文件，这个还是比较可惜的，后续的操作自己还没学到，目前还不清楚对后续的流程有没有影响，不过即使有，应该也就是一个压缩命令的事情。