2021-08-23 学习小组Day3笔记--动感光波

Linux 入门--软件安装

首先安装conda，这是个相当于linux系统下的应用商店的存在。日常生信用miniconda即可。安装好miniconda后，下载fastqc软件。

miniconda安装

• 网页搜索 “miniconda 清华”镜像（清华的conda镜像网站）
  首先，查询自己的电脑是多少位的：
  uname -a
  结果是64位，然后，在网页搜“miniconda 清华”，找到Linux最新版本的（latest）64位版本，Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，sh表示程序后缀。右键复制其网址，构建一个目录，利用wget命令将其安装在Linux系统中。
  cd ~/biosoft
  wget 刚才你复制的下载链接（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh）
  

  镜像安装

• 安装 miniconda
  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  （若安装失败，则从此步重来）
  

  安装成功

• 激活 miniconda
  source ~/.bashrc
  

  激活成功

• 添加镜像，加快下载速度
  中科大的镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

conda的使用（下载软件）

• 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
  
  列表

• 安装软件 conda install fastqc -y 【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes，你可以试试不加-y有什么区别】。默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
  如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y（引自：生信星球）

若conda出现下载问题，也可通过直接网站下载fastqc，安装在linux中，
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html

下载

手动安装fastqc

• 确认fastqc软件是否安装成功

fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。

• 卸载软件命令
  conda remove fastqc -y

需要深入指路：
“conda 环境”