学习小组Day6笔记-JWJ

1. 配置Rstudio的下载镜像

1. 配置镜像的原因

为了加速包的下载，需要配置国内镜像。

2. 配置镜像的方法（https://m.umu.cn/course/?groupId=5667230&sKey=c8e86a5561351147a4c538fd19cd623d）

1）通过工具栏配置
一般都是在Rstudio的tools工具栏中，对Packages中的primary CRAN repository进行设置，但这个镜像在下载Bioconductor的包时没有办法使用，同时也不能保证Rstudio每次都从CRAN下载包。
2）通过Rstudio的代码直接配置
对于CRAN和Bioconductor的下载镜像，可以用Rstudio直接配置
选择用Rstudio的配置文件.Rprofile，先用file.edit('~/.Rprofile')编辑文件，再将以下代码分别输入至脚本编辑器界面并保存。
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirros="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
重启Rstudio之后运行options()BioC_mirror检测镜像是否配置成功，结果发现CRAN的镜像配置成功，但Bioconductor的运行结果是Null,因此，改变Bioconductor的镜像网站，运行没有问题。所有的镜像和运行结果如下所示：

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2. R的包

R包安装： install.packages("包")
BiocManager::install("包")
R包加载：library（包）
require（包）

3.dplyr包的应用

1. dplyr的安装和加载

R包dplyr可用于处理R内部或者外部的结构化数据。

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2. dplyr的应用

1. mutate（），新增列

首先对变量test进行赋值

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用mutate（）函数新增列

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2. select（），按列筛选

按列号筛选

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按列名筛选

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3. filter（），按行筛选

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4.arrange（）按某一列或某几列对表格进行排序

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5.summarize（）汇总

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6. 管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)

管道函数的作用是将前一步的结果直接传参给下一步的函数，从而省略了中间的赋值步骤，可以大量减少内存中的对象，节省内存。符号%>%即管道操作，意思是将%>%左边的对象传递给右边的函数，作为第一个选项的设置（或剩下唯一一个选项的设置）。

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7. count（）统计某列的unique值

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8. 处理关系数据

1）将两个表进行连接
a) stringsAsFactors = F意味着“在读入数据时，遇到字符串之后，不将其转换为factors，仍然保留为字符串格式”。
b)连接的两个表必须具有相同的行数

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2）连接
inner_join(test1,test2,by="x")内连test1和test2，取交集
left_join(test1,test2,by="x"),左连
right_join(test1,test2,by="x")，右连
full_join(test1,test2,by="x")，全连
semi_join(x=test1,y=test2,by="x")，半连
anti_join(x=test1,y=test2,by="x")，反连

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3）合并
通过bind_rows和bind_col合并不同的变量

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心得：跟着教程是没有什么问题的，但自己处理数据还是不知道怎么做~~~