文件系统
为了很好地使用linux系统，你必须适应linux的文件及目录。在命令行界面，文件和目录没有被直观的显示，因此，你必须记住你目前在哪个目录里，以及这个目录与其他目录之间的层次关系。当然，你可以使用shell命令，比如cd与pwd，在各个目录之间移动，以及定位你的位置。
linux文件系统呈树状层级分布：一个目录可能包括其他的目录，即子目录。子目录本身也可能包含其他文件及子目录，等等，直至无穷。位于最高层的目录被称为根目录，并以 “/” 表示。
linux使用 “名字和斜线” 的方式描述文件和目录的位置，也就是路径（path）。例如： /one/two/three/four ，上述路径表示根目录 / 下面one子目录下的 two 子目录下的 three 子目录下的 four 文件。如果一个路径以根目录为起点，则称为绝对路径，否则，就是一个相对路径。
shell有一个当前工作目录，在shell中运行命令时，它就作用在这个目录。更具体地说，如果在shell中使用相对文件路径，它也是相对于当前工作目录而言的。例如，如果shell的当前工作目录是：/one/two/three，提供给命令的文件路径是myfile，那么这个命令真正操作的文件是：/one/two/three/myfile。同理，相对路径：/a/b/c意味着真实的路径是：/one/two/three/a/b/c。
linux的shell中还使用了两个特殊目录：.（一个点）和 ..（两个点）。前者表示当前目录，后者表示上一级目录。因此，如果你的当前目录是：/one/two/three时，则 . 代表此目录，.. 代表目录：/one/two。
再来说一说cd命令，我们可以使用cd命令从一个目录移动到另一个目录，如例：
$ cd /one/two/three
更专业地说，这个命令将shell的当前目录更改为：/one/two/three。对于这个例子来说，cd使用的是绝对路径（因为目录以"/"开始）。当然，cd也可以使用相对路径，比如：
$ cd d //进入子目录d $ cd ../mydir //回到上级目录，然后进入其子目录mydir
文件和目录名可以包含大多数字符：大小写字母，数字，句点，破折号，下画线，以及大部分符号（除了“/”，因为它留作分割目录用）。但是，在实际使用中，要避免使用空格，星号，括号，以及其他在shell中有特殊意义的字符。否则，要给这些符号进行转义。
主目录
linux里每个用户都有一个存放个人文件的目录，称为主目录。普通用户的个人目录通常位于：/home目录下，典型的目录名称是：/home/your-username，如：/home/smith，/home/jones，等等。对于超级用户来说，主目录是：/root 。有几种方法可以找到或者引用你的主目录。
cd 如果不带参数，cd命令会带你移动到你的主目录，例：$ cd 。
HOME环境变量 环境变量HOME包含你的主目录名称。例：$ cd $HOME ，也可移动到你的主目录。
cd ~ 当使用字符“～”代替目录名时，shell会自动将其扩展成主目录名。例：$ cd ~，也可移动到你的主目录。
cd ~username 当“～”后跟着用户名时（如：$ cd ~jones），也可移动到主目录。
系统目录
典型的linux系统有上万个系统目录。系统目录包含操作系统文件，应用程序，文档等，囊括除用户个人文件（/home目录下）外的所有文件。除非你是一名系统管理员，否则大多数系统目录你都几乎不用访问，但是只要有点基础知识，你就可以理解或猜测出这些目录的作用。这些目录的名字通常包含三部分，我们称之为：范畴（scope），分类（category），以及应用（application）。例如，目录：/usr/local/share/emacs包含了文本编辑器emacs的数据。它的scope是：/usr/local（安装系统文件的地方），category是 share（特定应用的数据与文档），application是emacs（文本编辑器）。
目录路径的category
category告诉你目录下文件的类型。
| 程序类 | |
| bin | 程序（通常二进制文件） |
| sbin | 专给超级用户使用的程序（通常二进制文件） |
| lib | 程序使用的库文件 |
| libexec | 供其它程序调用的程序，可当作“可执行程序的库” |
| 文档类 | |
| doc | 文档 |
| info | emacs内置帮助系统的文档 |
| man | 可用man程序查看在线手册；这些文件通常是压缩过的，或者含有man命令才能解释的排版指令 |
| share | 特定程序的文件，如示例，安装说明等 |
| 配置类 | |
| etc | 系统配置文件 |
| init.d | 与linux启动有关的配置文件 |
| rc.d | 与linux启动有关的配置文件；也可能是rc1.d,rc2.d ..... |
| 编程类 | |
| include | 程序头文件 |
| src | 程序的源码 |
| 网站类 | |
| cgi-bin | 网站运行的脚本和程序 |
| html | 网页 |
| public_html | 网页，通常位于用户主目录 |
| WWW | 网页 |
| 显示类 | |
| fonts | 字体 |
| X11 | X Window系统文件 |
| 硬件类 | |
| dev | 设备文件，内核提供给应用访问磁盘及其他硬件的接口 |
| media | 挂载点，用于访问磁盘的目录 |
| mnt | 挂载点，用于访问磁盘的目录 |
| misc | 挂载点，用于访问磁盘的目录 |
| 运行状态类 | |
| var | 存放随当前计算机的运行而改变的文件 |
| lock | 锁定文件，程序创建它用来表明自己正在执行。它的存在是用来阻止其他程序进行某些操作，或是避免同一个系统上同时运行多个一样的程序 |
| log | 日志文件，记录系统的重要事件，包含错误，警告，以及一些仅仅是信息性的消息等 |
| 接收邮件的邮箱 | |
| run | PID文件，包含正在执行的进程的ID; 这些文件常用来对特定的进程进行追踪或者终止其运行 |
| spool | 过滤文件，比如等待寄出的email，打印任务，计划任务等 |
| tmp | 供程序或者用户临时使用的空间 |
| proc |
操作系统状态 |
目录路径的scope
目录路径的scope是从更高的层次上描述整个目录的体系结构。比较常见的scope是：
| / | linux提供的系统文件（称为 “root” ） |
| /usr | 更多linux提供的系统文件（称为 ""user ） |
| /usr/games | 游戏 |
| /usr/local | 个别组织或计算机专用的系统文件，比如：个人另外安装的软件包 |
| /usr/X11R6 | X Window系统的文件 |
目录路径的application
目录路径的application部分通常是程序的名字。在scope和category（比如说 /usr/local/doc）之后，程序可以有自己的子目录（比如 /usr/local/doc/myprogram）来包含自己所需的文件。
操作系统目录
这些目录包含了支持linux内核（即linux操作系统的最底层部分）的文件。
| /boot | 与系统启动相关的文件 |
| /lost+found | 供磁盘修复工具存放恢复好的受损文件 |
| /proc | 描述进程的运行状态 |
文件保护
一个linux系统中，可能有许多用户拥有登录账号。为保护隐私和安全，多数用户只能访问一些文件，而不是所有文件。访问控制主要体现在下面两个方面：
| 谁有权限 | 每份文件和目录都有一个拥有者（owner），他有权限对这些文件，目录进行任何操作。通常，用户创建一个文件后，即成为该文件的拥有者，但是也有例外。 此外，预定义的用户组（group）也有访问文件的权限。用户组由系统管理员定义 最后，文件或目录也可以向系统中所有用户开放。这些既不是拥有者也非用户组成员的其他任何用户，都称为“其它人”（other）。 |
| 授于何种权限 | 文件拥有者，用户组，以及所有其他人都可能有读，写，执行某些文件的权限。目录同样有这三种权限。 |
查看特定文件的访问模式，如例，可执行：
$ ls -l aaa -rw-r--r-- 1 fuhaidong fuhaidong 8 3月 28 18:27 aaa
查看特定目录的访问模式，如例，可执行：
$ ls -ld One drwxrwxr-x 3 fuhaidong fuhaidong 4096 5月 31 2013 One/
输出的信息中，最左边的10个字符是文件的访问权限，r（读），w（写），x（执行），与其他字母及 “-” 符号的组合，例如：drwxrwxr-x 。上述字母符号的意义如下：
| 位置 | 意义 |
| 1 | 文件类型；-表示文件，d表示目录，l表示符号链接，p表示命令管道，c表示字符设备，d表示块设备 |
| 2 ~ 4 | 文件拥有者的读，写，执行权限 |
| 5 ~ 7 | 用户组的读，写，执行权限 |
| 8 ~ 10 | 其他人的读，写，执行权限 |
因此，示例：-rwxr-x--- 就表示文件可被拥有者读，写，执行；被用户组读，执行；禁止其他人访问。