About RepeatExplorer

感觉较新版本与新版Galaxy结合，bug更多，更恼火了

Galaxy的这个东东真是恶心：

<!-- lang: shell -->
galaxy.tools.deps DEBUG 2013-12-05 14:33:01,693 Building dependency shell command for dependency 'samtools' 
galaxy.tools.deps WARNING 2013-12-05 14:33:01,693 Failed to resolve dependency on 'samtools', ignoring

fasty36search.sh

目录：$basedir/repeatexplorer/umbr_programs/domain_search/

看了一下现在stable版还是这样子的。

大约是因为我的机器不行，需要把下面代码中的-n 3000给改小了才正常运行，300是随便改的

<!-- lang: shell -->
# split fasta to multiple files:

#$PROG/split_multi-fasta_number.pl -i $INPUT -o x_reads_split -n 3000 > tmp
# Modified by lhtk, 2014.04.17
$PROG/split_multi-fasta_number.pl -i $INPUT -o x_reads_split -n 300 > tmp

maketree.xml

目录：$basedir/repeatexplorer/umbr_programs/domain_search/

估计是写错了，要执行的是 R 代码，为什么要调用 perl 呢？

<command interpreter="perl">
makeTree.R -s $input -M $mvstup -m $alignment -t $tree -p $output_html -x '$output_html.extra_files_path' -d tmpfile -c ${__root_dir__}/tool-data/domains
</command>

我把改掉了，但目前未运行过：

<command interpreter="Rscript">
makeTree.R -s $input -M $mvstup -m $alignment -t $tree -p $output_html -x '$output_html.extra_files_path' -d tmpfile -c ${__root_dir__}/tool-data/domains
</command>