MapReduce项目中的一个JVM错误问题分析和解决

http://brandnewuser.iteye.com/blog/2144456

最近一周都在查项目的各种问题，由于对原有的一个MapReduce分析数据的项目进行重构，减少了运行时的使用资源，但是重构完成后，在Reduce端总是不定时地抛出JVM的相关错误，非常随机，没有发现有什么特殊的规律性。

问题在Reduce的控制台显示信息：

 

Java代码  

Exception from container-launch:
org.apache.hadoop.util.Shell$ExitCodeException: /bin/bash: line 1: 12453 已放弃
/usr/java/jdk1.7.0_11//bin/java -Djava.net.preferIPv4Stack=true -Dhadoop.metrics.log.level=WARN -Xmx3072M -Djava.io.tmpdir=/home/data12/hdfsdir/nm-local-dir/usercache/supertool/appcache/application_1410771599055_15737/container_1410771599055_15737_01_000100/tmp -Dlog4j.configuration=container-log4j.properties -Dyarn.app.container.log.dir=/home/workspace/hadoop/logs/userlogs/application_1410771599055_15737/container_1410771599055_15737_01_000100 -Dyarn.app.container.log.filesize=0 -Dhadoop.root.logger=INFO,CLA org.apache.hadoop.mapred.YarnChild 192.168.7.87 29145 attempt_1410771599055_15737_r_000004_0 100 > /home/workspace/hadoop/logs/userlogs/application_1410771599055_15737/container_1410771599055_15737_01_000100/stdout 2> /home/workspace/hadoop/logs/userlogs/application_1410771599055_15737/container_1410771599055_15737_01_000100/stderr

    at org.apache.hadoop.util.Shell.runCommand(Shell.java:464)
    at org.apache.hadoop.util.Shell.run(Shell.java:379)
    at org.apache.hadoop.util.Shell$ShellCommandExecutor.execute(Shell.java:589)
    at org.apache.hadoop.yarn.server.nodemanager.DefaultContainerExecutor.launchContainer(DefaultContainerExecutor.java:195)
    at org.apache.hadoop.yarn.server.nodemanager.containermanager.launcher.ContainerLaunch.call(ContainerLaunch.java:283)
    at org.apache.hadoop.yarn.server.nodemanager.containermanager.launcher.ContainerLaunch.call(ContainerLaunch.java:79)
    at java.util.concurrent.FutureTask$Sync.innerRun(FutureTask.java:334)
    at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:166)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1110)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:603)
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:722)

在System log中的信息为：

Java代码  

#
# A fatal error has been detected by the Java Runtime Environment:
#
#  SIGSEGV (0xb) at pc=0x0000000000016996, pid=18611, tid=1097111872
#
# JRE version: 7.0_11-b21
# Java VM: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (23.6-b04 mixed mode linux-amd64 compressed oops)
# Problematic frame:
# C  0x0000000000016996
[error occurred during error reporting (printing problematic frame), id 0xb]

# Failed to write core dump. Core dumps have been disabled. To enable core dumping, try "ulimit -c unlimited" before starting Java again
#
# An error report file with more information is saved as:
# /home/data9/hdfsdir/nm-local-dir/usercache/supertool/appcache/application_1410771599055_15737/container_1410771599055_15737_01_000099/hs_err_pid18611.log
#
# If you would like to submit a bug report, please visit:
#   http://bugreport.sun.com/bugreport/crash.jsp
#

系统中提示的JVM dump文件并没有在那台Reduce端机器上被发现，由于Reducer会在任务执行完成后将所有文件夹及文件都清理掉，application文件夹都没有发现。

由于Java的安全性，出现内存错误也不会报上面的这种类型异常，一般是某个区域空间不足，比如Perm，Heap等。经过一轮排查，将问题锁定在Reduce端会调用的一段JNI代码上。关于JNI的基本使用，可以参考：http://brandnewuser.iteye.com/blog/2117182

将JNI的代码注释掉之后，果然问题不再重现。在重构该部分代码之前，系统并未产生过这种类型的错误，于是将调用JNI这段代码还原到以前的一个版本，发现错误仍然发生；考虑到重构前代码使用内存很大，测试时将Reducer端的Heap内存也提高到8G，同样不管用。

尝试加入-XCheck:jni=true参数，发现hadoop的压缩格式都会发生检查错误，比如SequenceFile以及Snappy压缩，程序无法进行，因此暂时还是关闭了这个参数。

同事开始对JNI使用的.so库进行多进程测试i执行，结果表明该库并不存在并发问题。

那么想办法将这个dump文件保存起来，避免无意中删除该文件，经过查找找到参数:

Java代码  

-Dmapreduce.task.files.preserve.failedtasks=true

参数表示保留失败的tasks相关文件，但是实际运行完成后也并没有保存，又经过查找，看到另外一个参数，设置该参数后，dump文件仍然被清除。

 

Java代码  

yarn.log-aggregation.retain-seconds=-1
保存汇聚日志时间，秒，超过会删除，-1表示不删除。 注意，设置的过小，将导致NN垃圾碎片。建议3-7天 = 7 * 86400 = 604800
yarn.nodemanager.log.retain-seconds=10800
保留用户日志的时间，秒。在日志汇聚功能关闭时生效。
建议7天

注：有篇文章讲Hadoop的所有使用参数，比较详细：http://segmentfault.com/blog/timger/1190000000709725

有同事说这个时yarn的参数，是否需要重新启动yarn框架（不需要重启整个map/reduce框架），果然在失败后拿到了core.dump文件！

高兴之余，C++高手用gdb对这个文件进行了详细的分析，并没有发现太多线索。

于是大家一起重新过了使用JNI的代码，果然发现了一个问题。我们在使用JNI时，将.so库打包到jar包中，在实际Reduce端运行时才会将该.so文件用文件流的方式写到当前/tmp文件夹下，这就意味着，加入多个Reduce同时运行该程序，就会导致该so文件重复写的可能。

为了验证是否这个原因导致的，我们在Reduce端开始运行时，ssh到那台机器上，用shell脚本循环重复地向该文件夹中复制so文件，该JVM错误稳定重现。（下图就是一个FAILED Reduce Task的部分截图）

 

 

仔细想了一下，为什么原来的代码中并没有出现该问题，因为原来的程序Reduce端占用比较大，并且Partition的哈希并不均匀，我们只能启动大概3个任务，出现错误的概率比较小，于是我们强制启动5个任务，果然发生了一个Reduce端出现了错误。

错误在Reduce端有3种类型：

• 已放弃；

• 段错误；

• 总线错误；

但原因都是一致的，在JNI执行调用时，库文件被莫名地替换掉了，导致无法找到该内存地址的数据（猜测），从而导致段错误等内存地址错误(SEGSEGV)的发生。

 

于是我们马上改代码，更改的思路，是在map/reduce任务中，Task的AttempID总是唯一的，于是考虑将每个任务的.so本地库文件进行了文件夹隔离，通过运行时的JobConf参数获得：

 

Java代码  

JobContext.TASK_ATTEMPT_ID（mapreduce.task.attempt.id）

 

于是，问题便顺利地解决再也不重现了，但需要在Reduce端执行完成后，将该文件夹的数据进行清理操作。可是如果任务是被Container kill或是自己Fail掉的，并不会得到清理，需要写脚本确保在没有任务执行时将集群中的文件夹清理。